File diretorio = new File("C:/AlgumDiretorioParaGuardarBackup");
File bck = new File("C:/AlgumDiretorioParaGuardarBackup/nomeDobackup000000.sql");
// os zeros é para diferenciar um backup do outro

// Cria diretório
if(!diretorio.isDirectory()) {
new File("C:/AlgumDiretorioParaGuardarBackup").mkdir();
} else {

}

// Cria Arquivo de Backup
try {
if(!bck.isFile()) {
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c mysqldump -u root - p root comercial > comercial.sql");
//JOptionPane.showMessageDialog(null,"bkp Realizado com sucesso");
} else {

while(bck.isFile()) {
numerodobackup++;
bck = new File("C:/AlgumDiretorioParaGuardarBackup/nomeDoBackup000000"+numerodobackup+".sql");
// JOptionPane.showMessageDialog(null,"bkp Realizado com sucesso");
}

Runtime.getRuntime().exec("cmd /c mysqldump -u root u -root comercial "+"MeuArquivo.sql");
} JOptionPane.showMessageDialog(null,"bkp Realizado com sucesso");
} catch (IOException ex) {
ex.printStackTrace();
}