To precisando compilar classes em tempo de execução, mas não quero usar o disco para gravar um arquivo com extensão .java e depois passar o nome do arquivo para a classe Compiler compilar.
Gostaria de fazer isso na memória, alguém sabe como?
Se você quer se aprofundar com o assunto, recomendo o livro Java Reflection in Action, publicado pela Manning. O capítulo 7 trata especialmente do tópico.