Dentro de um programa você não pode incluir decimais com vírgula - é coisa da linguagem.
Entretanto, você pode trabalhar com vírgulas - é questão de formatar o número corretamente, usando java.text.DecimalFormat e java.util.Locale.
Se não me engano, é assim:
import java.util.*;
import java.text.*;
...
DecimalFormat df = new DecimalFormat ("#,##0.00", new DecimalFormatSymbols (new Locale ("pt", "BR")));
String s = "1.234,56"; // mil duzentos e trinta e quatro reais e cinqüenta e seis centavos
double d = df.parse (s).doubleValue(); // isto deve dar o número "1234.56"
String s2 = df.format (d); // deve retornar a string "1.234,56"
....
