Muito estranho isso, peguei o projeto do seu git como esta la e so fiz essa alteração e ele encontrou o arquivo.
O erro do log é mesmo?
Estranho mesmo, vou tentar rodar em outra máquina (n acredito que seja isso).
É o mesmo log, mesmo erro, mesma linha
Agora estou impressionado com isto. Fiz o teste em outra máquina e recebo este mesmo erro. Mas na sua funciona @campelo.m
baixa o projeto do git e faz a alteração que falei pra ver se da certo
vou tentar isto.
É amigo @campelo.m ainda estou caindo no mesmo erro.
Tem como você me mandar o .java que você alterou e a tela EditarPortarias.xhtml deste projeto que você baixou?
@campelo.m não faço ideia do que está acontecendo.
Baixei este projeto que você editou do drive mas o erro persiste.
Já testei até em outra máquina com o ubuntu 16.10 e nada muda. 
Começo a pensar em algo com a IDE ou Browser, mas nada disso entra em uma lógica para mim.
Certeza que é o mesmo erro, aqui acontece um erro mais por causa de uma imagem que o relatorio busca de Meus Documentos.
Sim, é o mesmo erro. Observo o log do servidor mas cai na mesma linha.
Mas no seu projeto ele abre o pdf? com as informações?
Não pois acontece o erro da imagem. post novamente todo o log.
Esta usando IDE para executar o projeto? deu um clean no server, pode estar segurando algum cash.
Estou usando o Chrome.
Desculpe @campelo.m , você pediu para que eu “limpe” o glassfish? Não encontrei como se limpa o servidor.
“limpar e construir” eu faço toda vez antes de executar o projeto.
Eu rodei o projeto em uma máquina que foi formatada antes para testar, mas deu no mesmo, dessa forma acredito que não seja este erro, mesmo assim não custa tentar.
Qual é este erro de imagem?
Segue o log
Advertência: #{MBportaria.imprimirUnicoItem()}: java.lang.NullPointerException
javax.faces.FacesException: #{MBportaria.imprimirUnicoItem()}: java.lang.NullPointerException
at com.sun.faces.application.ActionListenerImpl.processAction(ActionListenerImpl.java:118)
at javax.faces.component.UICommand.broadcast(UICommand.java:315)
at javax.faces.component.UIViewRoot.broadcastEvents(UIViewRoot.java:790)
at javax.faces.component.UIViewRoot.processApplication(UIViewRoot.java:1282)
at com.sun.faces.lifecycle.InvokeApplicationPhase.execute(InvokeApplicationPhase.java:81)
at com.sun.faces.lifecycle.Phase.doPhase(Phase.java:101)
at com.sun.faces.lifecycle.LifecycleImpl.execute(LifecycleImpl.java:198)
at javax.faces.webapp.FacesServlet.service(FacesServlet.java:658)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapper.service(StandardWrapper.java:1682)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:318)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:160)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.doInvoke(StandardPipeline.java:734)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:673)
at com.sun.enterprise.web.WebPipeline.invoke(WebPipeline.java:99)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:174)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.doService(CoyoteAdapter.java:416)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:283)
at com.sun.enterprise.v3.services.impl.ContainerMapper$HttpHandlerCallable.call(ContainerMapper.java:459)
at com.sun.enterprise.v3.services.impl.ContainerMapper.service(ContainerMapper.java:167)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpHandler.runService(HttpHandler.java:206)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpHandler.doHandle(HttpHandler.java:180)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpServerFilter.handleRead(HttpServerFilter.java:235)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.ExecutorResolver$9.execute(ExecutorResolver.java:119)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.executeFilter(DefaultFilterChain.java:283)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.executeChainPart(DefaultFilterChain.java:200)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.execute(DefaultFilterChain.java:132)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.process(DefaultFilterChain.java:111)
at org.glassfish.grizzly.ProcessorExecutor.execute(ProcessorExecutor.java:77)
at org.glassfish.grizzly.nio.transport.TCPNIOTransport.fireIOEvent(TCPNIOTransport.java:536)
at org.glassfish.grizzly.strategies.AbstractIOStrategy.fireIOEvent(AbstractIOStrategy.java:112)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy.run0(WorkerThreadIOStrategy.java:117)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy.access$100(WorkerThreadIOStrategy.java:56)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy$WorkerThreadRunnable.run(WorkerThreadIOStrategy.java:137)
at org.glassfish.grizzly.threadpool.AbstractThreadPool$Worker.doWork(AbstractThreadPool.java:591)
at org.glassfish.grizzly.threadpool.AbstractThreadPool$Worker.run(AbstractThreadPool.java:571)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
Caused by: javax.faces.el.EvaluationException: java.lang.NullPointerException
at javax.faces.component.MethodBindingMethodExpressionAdapter.invoke(MethodBindingMethodExpressionAdapter.java:101)
at com.sun.faces.application.ActionListenerImpl.processAction(ActionListenerImpl.java:102)
... 35 more
Caused by: java.lang.NullPointerException
at java.io.ObjectInputStream$PeekInputStream.read(ObjectInputStream.java:2606)
at java.io.ObjectInputStream$PeekInputStream.readFully(ObjectInputStream.java:2622)
at java.io.ObjectInputStream$BlockDataInputStream.readShort(ObjectInputStream.java:3099)
at java.io.ObjectInputStream.readStreamHeader(ObjectInputStream.java:853)
at java.io.ObjectInputStream.<init>(ObjectInputStream.java:349)
at net.sf.jasperreports.engine.util.ContextClassLoaderObjectInputStream.<init>(ContextClassLoaderObjectInputStream.java:58)
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:248)
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:233)
at com.ufpa.scontroleportaria.relatorio.GerarPDFPortaria.getRelatorioUmaLinha(GerarPDFPortaria.java:115)
at com.ufpa.scontroleportaria.bean.MBportaria.imprimirUnicoItem(MBportaria.java:93)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
at javax.el.ELUtil.invokeMethod(ELUtil.java:332)
at javax.el.BeanELResolver.invoke(BeanELResolver.java:537)
at javax.el.CompositeELResolver.invoke(CompositeELResolver.java:256)
at com.sun.el.parser.AstValue.invoke(AstValue.java:283)
at com.sun.el.MethodExpressionImpl.invoke(MethodExpressionImpl.java:304)
at org.jboss.weld.util.el.ForwardingMethodExpression.invoke(ForwardingMethodExpression.java:40)
at org.jboss.weld.el.WeldMethodExpression.invoke(WeldMethodExpression.java:50)
at com.sun.faces.facelets.el.TagMethodExpression.invoke(TagMethodExpression.java:105)
at javax.faces.component.MethodBindingMethodExpressionAdapter.invoke(MethodBindingMethodExpressionAdapter.java:87)
... 36 more
Advertência: StandardWrapperValve[Faces Servlet]: Servlet.service() for servlet Faces Servlet threw exception
java.lang.NullPointerException
at java.io.ObjectInputStream$PeekInputStream.read(ObjectInputStream.java:2606)
at java.io.ObjectInputStream$PeekInputStream.readFully(ObjectInputStream.java:2622)
at java.io.ObjectInputStream$BlockDataInputStream.readShort(ObjectInputStream.java:3099)
at java.io.ObjectInputStream.readStreamHeader(ObjectInputStream.java:853)
at java.io.ObjectInputStream.<init>(ObjectInputStream.java:349)
at net.sf.jasperreports.engine.util.ContextClassLoaderObjectInputStream.<init>(ContextClassLoaderObjectInputStream.java:58)
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:248)
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:233)
at com.ufpa.scontroleportaria.relatorio.GerarPDFPortaria.getRelatorioUmaLinha(GerarPDFPortaria.java:115)
at com.ufpa.scontroleportaria.bean.MBportaria.imprimirUnicoItem(MBportaria.java:93)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
at javax.el.ELUtil.invokeMethod(ELUtil.java:332)
at javax.el.BeanELResolver.invoke(BeanELResolver.java:537)
at javax.el.CompositeELResolver.invoke(CompositeELResolver.java:256)
at com.sun.el.parser.AstValue.invoke(AstValue.java:283)
at com.sun.el.MethodExpressionImpl.invoke(MethodExpressionImpl.java:304)
at org.jboss.weld.util.el.ForwardingMethodExpression.invoke(ForwardingMethodExpression.java:40)
at org.jboss.weld.el.WeldMethodExpression.invoke(WeldMethodExpression.java:50)
at com.sun.faces.facelets.el.TagMethodExpression.invoke(TagMethodExpression.java:105)
at javax.faces.component.MethodBindingMethodExpressionAdapter.invoke(MethodBindingMethodExpressionAdapter.java:87)
at com.sun.faces.application.ActionListenerImpl.processAction(ActionListenerImpl.java:102)
at javax.faces.component.UICommand.broadcast(UICommand.java:315)
at javax.faces.component.UIViewRoot.broadcastEvents(UIViewRoot.java:790)
at javax.faces.component.UIViewRoot.processApplication(UIViewRoot.java:1282)
at com.sun.faces.lifecycle.InvokeApplicationPhase.execute(InvokeApplicationPhase.java:81)
at com.sun.faces.lifecycle.Phase.doPhase(Phase.java:101)
at com.sun.faces.lifecycle.LifecycleImpl.execute(LifecycleImpl.java:198)
at javax.faces.webapp.FacesServlet.service(FacesServlet.java:658)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapper.service(StandardWrapper.java:1682)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:318)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:160)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.doInvoke(StandardPipeline.java:734)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:673)
at com.sun.enterprise.web.WebPipeline.invoke(WebPipeline.java:99)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:174)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.doService(CoyoteAdapter.java:416)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:283)
at com.sun.enterprise.v3.services.impl.ContainerMapper$HttpHandlerCallable.call(ContainerMapper.java:459)
at com.sun.enterprise.v3.services.impl.ContainerMapper.service(ContainerMapper.java:167)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpHandler.runService(HttpHandler.java:206)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpHandler.doHandle(HttpHandler.java:180)
at org.glassfish.grizzly.http.server.HttpServerFilter.handleRead(HttpServerFilter.java:235)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.ExecutorResolver$9.execute(ExecutorResolver.java:119)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.executeFilter(DefaultFilterChain.java:283)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.executeChainPart(DefaultFilterChain.java:200)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.execute(DefaultFilterChain.java:132)
at org.glassfish.grizzly.filterchain.DefaultFilterChain.process(DefaultFilterChain.java:111)
at org.glassfish.grizzly.ProcessorExecutor.execute(ProcessorExecutor.java:77)
at org.glassfish.grizzly.nio.transport.TCPNIOTransport.fireIOEvent(TCPNIOTransport.java:536)
at org.glassfish.grizzly.strategies.AbstractIOStrategy.fireIOEvent(AbstractIOStrategy.java:112)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy.run0(WorkerThreadIOStrategy.java:117)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy.access$100(WorkerThreadIOStrategy.java:56)
at org.glassfish.grizzly.strategies.WorkerThreadIOStrategy$WorkerThreadRunnable.run(WorkerThreadIOStrategy.java:137)
at org.glassfish.grizzly.threadpool.AbstractThreadPool$Worker.doWork(AbstractThreadPool.java:591)
at org.glassfish.grizzly.threadpool.AbstractThreadPool$Worker.run(AbstractThreadPool.java:571)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)