Bom o caminho está certo sim, tem que buscar e resolver os problemas por exemplo você pensou na classe Pessoa como o método principal com main quando ela deveria ser a base das classes, e o bom que você conseguiu ver o Poliformismo que tentei te passar e ai que começa.
Quanto a encapsular um método pode se usar o método da setSalario da classe Funcionario, reescrevendo ele na clsse Funcionario Aposentado acresentando alguma taxa de juros no calculo do salario, e pronto encapsulamento