bom mas tenta o seguinte nesse meio tempo
ProdutoEmpresa encontrado = (ProdutoEmpresa) session.createCriteria(ProdutoEmpresa.class)
.createAlias("produto","produto",Criteria.LEFT_JOIN)
.add(Restrictions.eq("produto.cod_produto", produtoEmpresa.getProduto().getId()))
.add(Restrictions.eq("empresa.cod_empresa", produtoEmpresa.getEmpresa().getId()))
.uniqueResult();
acho que assim ta resolvido esse probleminha…