é possivel isso:
<input type="checkbox" ... ${usuario.ativo ? '' : 'checked'}>
<span>${usuario.ativo ? '' : 'inativo'}</span>
não precisa do c:if 
é possivel isso:
<input type="checkbox" ... ${usuario.ativo ? '' : 'checked'}>
<span>${usuario.ativo ? '' : 'inativo'}</span>
não precisa do c:if 
com jstl eu posso usar ${usuario.nome == “MeuNome” ? ‘’ : ‘inativo’}
ou uso algum equals depois de .nome?
use eq 
Lucas, peguei esse contexto para entender o contains.
<c:set var=“theString” value=“I am a test String”/>
<c:if test="${fn:contains(theString, ‘test’)}">
Found test string
mais minha questão é o seguinte fui ler a documentação e está assim:
The fn:contains() function has following syntax:
boolean contains(java.lang.String, java.lang.String);
ou seja, ele pede uma String para comparar com uma string.
Minha classe Grupo tem um Set lista
e no metodo editar eu retorno um objeto Grupo para a visão, essa coleção eu acesso via {grupo.permissoes} como eu poderia verificar se uma string está contida dentro dessa coleção?
a forma seria a mesma? ou seja ${fn:contains({grupo.permissoes}, ‘nomeDaString’)} ?
seria assim:
${fn:contains(grupo.permissoes, 'nomeDaString')}
se não funcionar, inverte os parametros 
funcionou sim, ficou da seguinte forma:
<c:forEach var="permissao" items="${permissoes}">
<c:if test = "${permissao eq 'Funcionario_Alterar'}">
<input type="radio" class="radio" style="margin-left: 10px;"
name="permissao.permFuncionario"
value="${permissao}"
${fn:contains(grupo.permissoes, permissao) ? 'checked="checked"' : ''}>Alterar
</c:if>
<c:if test = "${permissao eq 'Funcionario_Visualizar'}">
<input type="radio" class="radio"
style="margin-left: 10px;"
name="permissao.permFuncionario"
value="${permissao}"
${fn:contains(grupo.permissoes, permissao) ? 'checked="checked"' : ''}>Visualizar
</c:if>
<c:if test = "${permissao eq 'Funcionario_Nenhuma'}">
<input type="radio" class="radio"
style="margin-left: 10px;"
name="permissao.permFuncionario"
value="${permissao}"
${checked ? 'checked="checked"' : ''}
${fn:contains(grupo.permissoes, permissao) ? 'checked="checked"' : ''}>Nenhuma
</c:if>
</c:forEach>