Correto, sendo que o MVC dá nome aos bois, ou seja, você está dizendo explicitamente quais são esses pontos de interação. Quando você fala de camadas, está apenas falando de níveis de abstração de uma mesma informação, ou seja, é um conceito mais genérico. Por exemplo, um registro no banco de dados, que depois se torna um objeto Java em outra camada, que depois se torna dados formatados numa JSP. São as mesmas informações, mas em camadas diferentes.
Eu costumo ver o MVC da seguinte forma: o Model é simplesmente o seu modelo, ou domínio, ou regras de negócio. A View é a apresentação desse modelo ao usuário. Você poderia ter views diferentes para o mesmo modelo: poderia haver uma interface web usando JSP como view, e outra desktop usando Swing, por exemplo. Separar as responsabilidades conforme o MVC ajuda a implementar esse tipo de coisa.
Porém, a View e o Model por si só não funcionam: se você desenhar uma tela para adicionar um cliente, e a classe de domínio correspondente, isso por si só não vai permitir que você realize a operação. É preciso algo que realmente reaja aos eventos da View, manipulando as regras de negócio para devolver um resultado. É aí que entra o Controller, que nada mais é do que o cara que “dá vida” à View e ao Model. Numa aplicação desktop, fazem parte dele os manipuladores de eventos por exemplo, já numa aplicação web poderíamos citar os servlets e as actions dos frameworks. Enfim, gosto de pensar no Controller como tudo que manipula ou “dá vida” à View e ao Model.
Quanto à MVC ser camadas ou não, no meu entender a View é um nível de abstração do Model. Uma tela de cadastro de produto é a interface para acessa a classe de domíno, que depois vai se tornar um registro no banco de dados. Em todas as fases estamos falando da mesma informação, o produto, mas em níveis de abstração, ou camadas, diferentes. Já o Controller eu não gosto muito, de acordo com o exposto, de pensar como camada.
Uma observação: as classes de persistência no MVC se encaixariam no Model ou ainda, abaixo dele, como uma camada se suporte.
