Alguém tem alguma sugestão de cursos atuais com Java ee.
Com frameworks de persistência Hibernate, ensinando a usar múltiplas tabelas (inner join), também com frameworks MVC como vraptor4.
trabalhando com JSP e controle de sessões e permissões.
Não se prenda a cursos em vídeo. São bons para começar, mas quase sempre são extremamente superficiais, principalmente os que temos aqui no Brasil. Que tal estudar diretamene da fonte de onde os instrutores desses cursos estudam, e aprender até mais do que eles mesmos sabem? Lê esses livros aqui que você vai virar um ninja:
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Java EE 7 Essentials (leitura bem rasa e leve, só para ter uma noção de como funciona a plataforma)
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EJB 3 in Action (Fala sobre os EJB, sobre transações e outros tópicos relacionados. Leitura um pouco mais densa e elaborada, com vários exemplos)
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Pro JPA 2 (Revisa o conteúdo de EJB sob outro ponto de vista, e mostra como utilizar JPA 2 de forma bem profunda)
Além desses, tem também o tutorial oficial da Oracle sobre Java EE 7, aqui: https://docs.oracle.com/javaee/7/tutorial/
É uma visão bem ampla sobre todos os serviços da plataforma, e como funciona tudo.
Esses três livros vão te deixar sabendo MUITA coisa sobre Java EE, mas eles não são suficientes para te fazer escrever código bem feito. Isso você adquire com o tempo (se é que já não adquiriu). Caso queira, recomendo esses outros aqui também:
São leituras excelentes, recomendo todas elas.