Olá! Vou falar quais os motivos que poderiam levar você a usar JavaFX.
1- Você pode usar tudo que Java oferece diretamente.
2 - Facilita o fluxo designer desenvolvedor: Gráficos viram classes JavaFX.
3 - Resultados disponíveis como applets ou jnlp.
4 - Ferramentas Free
5 - Facilidade de desenvolvimento incrível.
6 - Contém recursos de programação voltados para aplicações MVC, animações, leitura de webservices REST
7 - Embora ainda não tenhamos tantos dispositivos que suportam, JavaFX é portátil para Set top Box de televisão digital, celulares, web e desktop. Mas há muito trabalho para se fazer nessa área de portabilidade.
O JavaFX tem seus problemas por ser uma tecnologia nova e ambiciosa, querendo ganhar território do Flash/Flex, que estão a anos nisso, mas tem potencial. A versão 1.3 está boa para ser um concorrente mais perceptível.
O Flex é atualmente mais aceito no mercado e tem uma companhia que está no ramo há anos, a Adobe. Tem diversos desenvolvedores e bastante entusiastas. Todos que me vem com JavaFX acham que sou inimigo do Flex, o que não é verdade. Já quase trabalhei com e conheço pessoas e sistemas espetaculares que usam Flex. É uma boa escolha!
Eu usaria JavaFX, mas porque conheço mais do que o Flex. Mas cabe você escolher.
[]'s e boa sorte no seu projeto.