Aquivos em java - charset?!

Programação Java
#1

Boa noite pessoal!

Tenho uma função para a qual passo um array de bytes (um arquivo File convertido em bytes).
Essa função grava o array em um arquivo físico cujo endereço é referenciado pelo meu parâmetro aPath.

A função segue abaixo:

	public static String writeFile(byte[] aFile_byteArray, String aPath) {		
		File file = new File(aPath);
		
		FileOutputStream fos;
		try {
			fos = new FileOutputStream(file);
			
			try {
				fos.write(aFile_byteArray);
				fos.flush();
				fos.close();
			} catch (IOException e) {
				e.printStackTrace();
			}
			
		} catch (FileNotFoundException e) {
			e.printStackTrace();
		} 
		
		return "";
	}

Até aqui não tenho problema algum, no entanto, alto estranho acontece quando eu passo meu array de bytes para string e depois tento novamente gravar o arquivo. Fiz o seguinte teste…

String fileString = manipulateFile.getFileString(path); // essa função retorna o arquivo em formato string
// lembrando que para retornar o array de bytes como string, eu crio uma string da seguinte forma: new String(array de byte), apenas isso
manipulateFile.writeFile(fileString.getBytes(), "c:\arquivo1.exe");

byte[] array = manipulateFile.getFileArray(path); // essa funçao retorno o arquivo em formato de array de byte
manipulateFile.writeFile(array, "c:\arquivo2.exe");

O que acontece é que o arquivo 1 é gravado exatamente com o mesmo tamanho do arquivo original, mas não executa!
O sistema exibe uma mensagem avisando que não é uma executável válido…
O arquivo2 também tem o mesmo tamanho do arquivo original, mas executa corretamente!

Minha dúvida: Por que o arquivo1 é inválido?!

Tem algo a ver com o charset?!
Visualizando os dois executáveis gerados em modo texto, percebe-se que um ou outro caractere estão trocados…
Por exemplo, um “gradadinho” no arquivo original, vira “?” no arquivo1.

Agradeço a atenção galera!
Acho que ficou um pouco confuso, mas tenho certeza que alguém deve ter passado por algo semelhante e vai entender… Espero… hehe
Abraço!

#2

Vou colocar mais alguns informaçoes sobre os arquivos gerados, para quem sabe assim a galera entender melhor meu problema.

Abaixo segue o hexa dos dois arquivos…
A primeira imagem é do original, enquanto a segundo foi a gerada pelo programa quando uso a string, conforme expliquei no post acima.
Alguma idéia do que pode ser?!

Abraço!

#3

Consegui resolver o meu problema usando a classe Base64.
O que estava acontecendo era que ao criar o objeto de string, com base no array de bytes do meu arquivo, o caractere 144, aquele “quadradinho”, que não existe no charset padrão da string, acabava sendo trocado pelo caractere 63, a “?”.

// para codificar
string = Base64.encode(array de bytes);

// para decodificar
try {
   array de bytes = Base64.decode(string);
} catch (Base64DecodingException e) {
   e.printStackTrace();
}
#4

Muito boa a descoberta, longe de ser java básico, mas gostei de aprender essa.

Obrigado por compartilhar!

#5