Área de transferência - Scanner xy = new Scanner(System.in)

No windows você seleciona com o mouse qualquer texto, copia e o texto fica na área de transferência, basta colar para saber o que está na área de transferência.
No java, onde está a área de transferência?
Scanner xy = new Scanner(system.in);
int notamusical = xy.nextInt();
Com ele aberto é só imprimir na tela
System.out.println(…); //vai mostrar o que foi digitado
Como saber quais comandos estão na Área de transferência do Java depois de fechar o programa? Onde fica guardado o que digitamos?

Na memória RAM.
Essa “área de transferência” que você fala, usando o exemplo que você tá usando, nada mais é que um espaço de memória reservado para isso.

Scanner xy = new Scanner(system.in);
int notamusical = xy.nextInt(); // Aqui você está alocando um item na variável notamusical.
System.out.println(xy) // aqui você imprime o conteudo de xy

Cada variável pode armazenar um objeto (baaaasicamente), e ficam armazenadas ali até que você altere isso.

De forma BEM BÁSICA, é isso.

Isso não faz o menor sentido. Separe o que é do seu sistema operacional com o que é da sua aplicação.

Se sua aplicação não está rodando, não tem como ela “ter uma área de transferência”.

Aliás, sua pergunta não tá clara. Tente perguntar de forma melhor pra obter melhores respostas.

Ok FearX
Espaço de memória, essa palavra que estava procurando. Sabendo a palavra certa fica mais fácil pesquisar. Muita coisa estou com dificuldade para encontrar a resposta por não saber a palavra certa que devo pesquisar.

A Área de Transferência é um recurso do sistema operacional, no Java essa área é representada pela classe Clipboard.

Se quer ver um exemplo de código funcionando, faça um Ctrl+C de qualquer coisa e em seguida execute o programa abaixo:

import java.awt.Toolkit;
import java.awt.datatransfer.Clipboard;
import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
import java.awt.datatransfer.Transferable;

public class ClipboardTest {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            ClipboardTest programa = new ClipboardTest();
            programa.executar();
        } catch (Throwable t) {
            t.printStackTrace();
        }
    }

    public void executar() throws Exception {
        Clipboard areaTransferencia = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
        Transferable armazenado = areaTransferencia.getContents(null);
        DataFlavor[] tiposDeConteudo = armazenado.getTransferDataFlavors();
        for (DataFlavor tipo : tiposDeConteudo) {
            Object conteudo = armazenado.getTransferData(tipo);
            System.out.println("tipo:     " + tipo.getMimeType());
            System.out.println("classe: " + conteudo.getClass().getName());
            System.out.println();
        }
    }
}
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