Fabrício esses links realmente são muito bons, inclusive voce já os recomendou para mim tambem.
Porém acho que o problema do nosso amigo Reolca esta em como organizar o src/java, pois ele até falou em arquitetura 3 camadas.
Esses seus links mostra como organizar o projeto inteiro, mas não se aprofunda em como organizar o src/java. Pelo menos eu não os vi.
Se esta organização esta nos links ou voce conhece algum outro lugar que mostre algo deste tipo vc poderia explicita-los para mim? Iria me ajudar muito e acho que tabem iria ajudar o Reolca.