Gostaria de esclarecer como funciona tipo uma classe nostas fiscais como implementar com o banco de dados incluir,atualizar e excluir no BD . Sei que parece uma pergunta meio besta mas é muito inportante para mim.
Gostaria de saber a ideia real sem ferramenta como o Hibernate.
Parece meio dificil de entender por haver muitas verificações.
Ou a interfece com o usuario não tem nada a ver ?
A interface com o usuário não tem nada a ver. Se vc quer fazer isso sem usar Hibernate e outros frameworks p/ persistência, vai ter que usar JDBC.
Dê uma olhada na API:
http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/sql/package-summary.html
Alex,
Vai ter que usar o JDBC (como o Caio disse) para fazer a sua conexão com o banco de dados.
Para você fazer uma query, incluir registro no banco de dados, excluir registros e atualizar, utilize a classe PreparedStatement e ResultSet.
Verifica a API para ver como funciona:
http://java.sun.com/j2se/1.4.1/docs/api/
Falow. 
Oi, povo…
Acredito que, independente dele utilizar JDBC ou não, para compreender bem como a coisa funciona por dentro, é interessante você estudar algumas coisinhas, tipo:
Mapeamento Objeto-Relacional:
Esse mês saiu uma matéria super interessante sobre esse assunto na revista SQL Magazine. Te aconselho a dar uma lida;
Pattern ADO (Access Data Object):
Te aconselho a estudar também qual a lógica que envolve esse padrão de projeto. Se não me engano, você vai conseguir boas informações sobre isso se fizer uma pesquisa no Google;
Estudando isso, acredito que você já conseguirá muita informação para aplicar persistência de objetos em qualquer tecnologia utilizada, seja ela Java, C++, etc…
Detalhe: Estes assuntos, da maneira que são abordados, pressupõem que você tenha uma base mínima sobre OOP, UML e BD Relacionais, e até utilizam uma dada tecnologia (muitas vezes, JAVA), para aplicá-la no estudo de caso apresentado. Mas, como você pode pode perceber, isso são conceitos que devem ser dominados por profissionais ligados a área de desenvolvimento. Dominando isso, fica fácil aprender qualquer tecnologia!!
Abraços!,
Givaldo Jr.