Olá,
Essa conversa é bem antiga e vai longe, mas vamos a alguns dados básicos, não vou me ater a legalidade ou não de cada uma das modalidades nem a nada jurídico, vou apenas tentar dizer o que minha experiência no mercado tem mostrado com relação a postura das empresas frente a esses dois tipos de contratação.
Para ser PJ você precisa ter uma empresa aberta, alguns locais aceitam ME(Micro empresa) em outros apenas LTDA (A forma mais comum, aquela onde vc precisa de um sócio).
O ME paga em torno de 6% do valor bruto da nota de impostos.
A LTDA paga em torno de 12% do valor bruto da nota.
PJ tem que ter um contador que costuma cobrar uma fração do salário mínimo por mês, que pode variar de 1/3(tem que dar muita sorte) até 1/1 (tem quem cobre um salário mínimo por mês mesmo), sendo comum a cobrança de 1/2 (isso varia muito em função da região)
Essa informação, sobre qual tipo de empresa a sua contratante aceita é muito relevante, como você deve ter percebido, em função da diferença na carga tributária.
Como PJ você não tem direito a nada do que está declarado na CLT(Férias, 13o, entre outros) então qualquer coisa dessas que você queira deve ser negociada no momento da contratação, não deixe nada em aberto na hora de estipular um contrato, senão depois você pensa “ah, mas poxa, todo mundo tem férias” se não está no seu contrato esquece.
PJ sim te dá uma maior flexibilidade em questão salarial, além de você poder ganhar bem mais, é muito mais fácil negociar um aumento(aqui tem uma ressalva, se a empresa se atém DEMAIS ao contrato ele pode ser um problema nessa questão de aumento salarial, mas o que tenho visto e vivenciado é diferente disso), porém, nada impede que também lhe seja proposto uma redução salarial, diferente da CLT um contrato entre duas empresas pode ter o preço subindo ou descendo, obviamente desde que acordado assim entre ambas as partes.
Antes de pensar em migrar pra PJ você deve mensurar muito bem tudo que estará abrindo mão e incluir isso no salário (se você tem descnto de VT e VR é porque você os recebe, e o valor descontado é inferior ao valor total, logo o desconto vale a pena do ponto de vista total) , VT, VR, convênio médico dentre outros benefícios. Algo interessante que vejo com cada vez mais frequência são empresas oferecendo tais benefícios mesmo para quem é PJ, o que é bem interessante(mas fique atento na hora do contrato!)
Vejo com muita frequência pessoas migrando de CLT para PJ com aumentos de 40 ou 50% no salário e só depois de alguns meses percebem que acabou não valendo a pena por não terem feito as contas de forma correta.
Outra coisa que acho muito interessante na forma de contratação PJ é o conceito de hora aberta que, a meu ver, para quem tem disponibilidade de tempo(e fôlego) pode ser bem rentável, obviamente é bem complicado manter isso por muito tempo mas dá um belo retorno financeiro (especialmente nos projetos atrasados 
onde vc entra pra apagar incêndio)
Também não sou dos maiores fãs da CLT, a meu ver ela estimula o conformismo e a estagnação através de reajustes ridículos e a sensação de ‘estabilidade’, em uma área tão aquecida e rentável mundialmente acho que buscar estabilidade é um desperdício, buscar a empregabilidade, que é a sua capacidade de se recolocar profissionalmente em pouco tempo depois de sair de um emprego é muito mais interessante, rentável e recompensador do ponto de vista profissional e pessoal, por conta das novas experiências.
EDIT:
Algumas outras informações que podem ser relevantes também para quem esteja pensando em migrar de CLT para PJ:
Como PJ você também tem que pagar INSS, porém, pode se limitar ao mínimo que é algo entre 50 e 60 reais por mês(54 acho, não lembro exatamente). Obviamente pagando o mínimo seu benefício também será o mínimo,se a sua preocupação for a aposentadoria sugiro destinar um valor mensal para um investimento de baixo risco e bem rentável a longo prazo como o Tesouro Direto.
Outra coisa também é comprovação de renda, se com CLT basta você apresentar seu contracheque(ou holerite para quem preferir ) como PJ você precisa apresentar um documento chamado DECORE ou seu IR(alguns lugares podem pedir ambos) e esse Decore custa, GERALMENTE, em torno de 10% do valor declarado, ou seja, se você precisa comprovar renda de 3 meses e ganha 6.000 mês terá que desembolsar 1.800 pro seu contador :S. Minha esposa é contadora e comentou que essa prática é comum, cobrar 10% sobre o valor do Decore, enfim, obviamente varia em função do seu acordo com o contador.
Bom, são meus 2 cents, espero que te ajude em sua decisão.
Abs