Um coordenador é um professor (Coordenador extends Professor), que por sua vez é um funcionário (Professor extends Funcionario). Então vc pode fazer isso normalmente:
Funcionado f1 = new Professor();
Funcionado f2 = new Coordenador();
Professor p1 = new Coordenador();
Como vc tem um array de Funcionarios e um coordenador é um funcionario então vc pode colocá-lo nesta lista normalmente.