for (int i=0;i<grupos.length();i++){
  System.out.println("Grupo " + i +" possui " + membros.length() + " membros");

}

int[] usrs = null;

//Percorrer o array do grupos
for(int i = 0; i < grupos.length; i++){
   // Do grupo pegar a lista de usuários
    Usuario[] usr = grupos[i].getUsuario();
    
   //Percorrer a lista de usuarios
    for(int j = 0; j< usr.length; j++){
         //Pegar cada usuário
          Usuario usr2 = usr[j];
           // Aqui vc estará com o valor do array e vc faz o que quiser.
    }

    // Não compila... eh soh exemplo...
    usrs += new int[usrs.length + usr2.length];
    usrs += usr2;

}

// Aqui todos os Usuarios de todos os grupos
System.out.println("Qde.: " + usrs.length);
System.out.println("Nome do #3: " + usrs[3].getNome);

// manja de for-each (enhanced-for)
for (Grupo gruop : grupos) { // percorre o vetor de grupos
    for (Usuario user : group.membros) { // percorre o vetor de membros para cada grupo no vetor principal
        System.out.printl(user.getNome());
    }
}

for (int i = 0; i < grupos.length; i++) {
    for (int j = 0; j < grupos[i].length; j++) {
        System.out.println(grupos[i].membros[j].getNome());
    }
}

// Meu set de Permissoes de usuarios
HashSet<UserPermitionUser> setPermitionUsers = new HashSet<UserPermitionUser>();

                // aqui percorre o array de permissoes de grupos
                for (int i = 0; i < userInstancePermitions.length; i++) {

                    // por ciclo, cada grupo possui um array de Permissoes de usuarios, que aqui eh percorrido
                    for (int j = 0; j < userInstancePermitions[i].permitionUsers.length; j++) {

                        // AQUI O PROBLEMA: eu adiciono cada permissao de usuario
                        setPermitionUsers.add(userInstancePermitions[i].permitionUsers[j]);

                    }
                }
                
                // Aqui vao os Users IDs para fazer query no BD
                uids = new int[setPermitionUsers.size()];

                // Para percorrer as permissoes do usuarios
                Iterator iterator = setPermitionUsers.iterator();

                int i = 0;
                while (iterator.hasNext()) {

                    // Aqui tras cada Permissao de usuario do iterator do set
                    UserPermitionUser eachUser = (UserPermitionUser) iterator.next();

                    // Cada Permissao de Usuario possui um getUidTarget, onde retorna o User ID alvo da permissao de cada usuario
                    uids[i] = eachUser.getUidTarget();
                    i++;

                }

// Loop para exibir pelo SysOut
for (int i = 0; i < uids.length; i++) {

                // Aqui deve exibir os usuarios que possuo permissao
                System.out.println("User ID: " + uids[i]);

}