Qual software voce usa hoje? Trabalho com o TFS, com lock exclusivo ele avisa quem está mexendo no arquivo. Acredito que outros tenham essa opção.
Com lock exclusivo não tem essa bagunça de merge, cada um tem que estar responsável por uma funcionalidade em algum momento. Deve-se evitar misturar funcionalidades num mesmo arquivo para diminuir as chances de precisar mexer no mesmo. Isso é importante não só pra isso, mas para melhor foco na hora da manutenção.
Atualmente usamos apenas um “repositório” como se fosse um diretório na rede, vamos se dizer assim.
Então quem tem acesso pode baixar e alterar. Só que as vezes na correria para arrumar um bug, não fazem merge, ou como já aconteceram outras vezes, um mara a versão do outro por estarem mexendo ao mesmo tempo.
Subversion com TortoiseSVN é melhor que Git para a maioria dos projetos onde as pessoas trabalham fisicamente juntas, mas Git também não é pago. Deve estar confundido com o serviço Github que é pago para projetos privados.