Cara,
Com relação a desempenho em consultas, inserts, deletes e updates…
Tudo é uma questão de como vc irá estruturar seus relacionamentos e índices.
Atualmente os banco de dados desenvolveram algoritmos que aprimoram a performance de consultas de forma inteligente e transparente ao usuário.
Portanto, acredito que neste aspecto não há com o que se preocupar.
Acredito que a preocupação deve estar nos aspectos de trafego de rede, utilização de memória do servidor e espaço em disco rígido.
Se vc for criar 200 instancias ou base de dados, vc replicará 200x metadados e outras informações exclusivas do MySQL.
Além disso, ao invés de carregar 1 MySQL em memória, vc carregará 200 MySQL…
Quantos servidores seriam necessarios? Quanto de memória, hd? Seria necessário uma virtualização? Enfim…
E com relação a alterações no aplicativo ou base de dados?
Vc terá de alterar, no mesmo ponto, 200 instancias…
O processo de manutenção do banco de dados será 200x mais lento…
Obvio que podem ser criados scripts e tal… mas será que o esforço vale a pena…
Eu pensaria nesses aspectos…
Ficaria com a opção de 1 base de dados…
E só para desencargo, faria um teste e tentaria rodar uns 10 juntos, só pra ver oq rola…