No Eclipse, quando vc está exportando o seu projeto para um .Jar, na última tela antes de finalizar a criação, ele pergunta se você quer utilizar um Manifest já existente, ou se quer que ele crie automaticamente.
O jeito vai ser:
Veja como um manifest é criado, esse exmplo eu fiz utilizando a API externa JDIC.
Manifest-Version: 1.0
Sealed: true
Main-Class: JanPrincipal //nome da minha classe que possui o main
Class-Path: ./lib/jdic.jar //caminho da API externa que estou utilizando
Note que quando eu insiro o caminho da API externa, eu passo uma pasta onde a API está localizada. Aconselho a vc, criar uma pasta e inserir dentro dela todas as APIs externas.
Crie o seu manifest com esses dados dentro do seu projeto no eclipse. Lembrando que o nome correto é "manifest.mf".
Quando vc for exportar o seu projeto criando o Jar, diga que vai usar um manifest existente, e indique o caminho desse que vc acabou de criar.
Deve dar certo..o único problema, é que vc vai ter que levar o seu JAR e a pasta com as APIs externas para onde vc for rodar seu programa.
Qualquer dúvida é só falar!