Oi, boa tarde.
Segundo a lei de software (9.609/98 - http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/l9609.htm)
Art. 4º Salvo estipulação em contrário, pertencerão exclusivamente ao empregador, contratante de serviços ou órgão público, os direitos relativos ao programa de computador, desenvolvido e elaborado durante a vigência de contrato ou de vínculo estatutário, expressamente destinado à pesquisa e desenvolvimento, ou em que a atividade do empregado, contratado de serviço ou servidor seja prevista, ou ainda, que decorra da própria natureza dos encargos concernentes a esses vínculos.
§ 1º Ressalvado ajuste em contrário, a compensação do trabalho ou serviço prestado limitar-se-á à remuneração ou ao salário convencionado.
§ 2º Pertencerão, com exclusividade, ao empregado, contratado de serviço ou servidor os direitos concernentes a programa de computador gerado sem relação com o contrato de trabalho, prestação de serviços ou vínculo estatutário, e sem a utilização de recursos, informações tecnológicas, segredos industriais e de negócios, materiais, instalações ou equipamentos do empregador, da empresa ou entidade com a qual o empregador mantenha contrato de prestação de serviços ou assemelhados, do contratante de serviços ou órgão público.
§ 3º O tratamento previsto neste artigo será aplicado nos casos em que o programa de computador for desenvolvido por bolsistas, estagiários e assemelhados.
Você não pode, a não ser que você se encaixe totalmente no texto “§ 2º”, o que acho que não é o caso, até porque você desenvolve seus programas baseado nos negócios da prefeitura, com seus materiais, instalações, recursos, ideias etc. Se você for colaborador da prefeitura, os direitos são dela e você não tem direito sobre eles, a não ser que isto esteja expresso por escrito, então, cuidado pra não entrar numa encrenca.
Abraço,