Duplicando dados ao editar Hibernate

Bom dia galera,
Tenho a seguinte situação, quando tento editar a lista de vacinas de um paciente, ao invez de editar ele esta salvando outra lista, por exemplo: paciente1 tem 2 vacinas, ai quero adicionar mais 1 vacina, totalizando 3, mas no banco ele salva 5, as 3 que mandei atualizar e as outras 2 que ja tinha
Entidade VacinaAplicada
@ManyToOne
@JoinColumn(name = “idPaciente”, nullable = false)
private Paciente paciente;

Entidade Paciente
@OneToMany(mappedBy = "paciente", orphanRemoval = true, targetEntity = VacinaAplicada.class, fetch = FetchType.EAGER, cascade = CascadeType.MERGE)
    @Fetch(value = FetchMode.SUBSELECT)
    private Set<VacinaAplicada> vacinaAplicada;

Aqui eu pego as vacinas
 Set<VacinaAplicada> vacinas = new HashSet();
        for (int i = 0; i < vacinasList.size(); i++) {
            VacinaAplicada va = new VacinaAplicada();
            va.setVacina(vacinasList.getElementAt(i));
            va.setPaciente(paciente);
            vacinas.add(va);
        }
        p.setVacinaAplicada(vacinas);

metodo editar do dao

public boolean editar(Entidade entidade) {
        Session sessao = ConnectionFactory.getFabricaDeSessoes().openSession();
        Transaction transacao = null;

        try {
            transacao = sessao.beginTransaction();
            sessao.update(entidade);
            transacao.commit();
            return true;
        } catch (RuntimeException erro) {
            if (transacao != null) {
                transacao.rollback();
            }
            erro.printStackTrace();
            return false;
        } finally {
            sessao.close();
        }
    }

esse é o projeto completo, se alguem quiser dar uma olhada

Ao entrar no método de editar, a entidade Entidade está com o id preenchido?

sim, o paciente tem uma lista de telefones,doenças e vacinas, só a de vacina q n ta funcionando direito as outras estão fazendo o crud certinho

Esse comportamento vai ocorrer quando o id não foi preenchido (como o @Lucas_Camara comentou).
Certifique-se de que todos os objetos envolvidos estão com seu id.

1 curtida