Dúvida ao juntar dois arquivos TXT

FileWriter fw = new FileWriter("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SAIU.txt");  
		   	BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw); 
if(vetorDeLinhasSef[j].toString().substring(3, 30).equals(vetorDeLinhas[i].toString().substring(3, 30))){
	   		   	 		
		    			bw.write(vetorDeLinhas[i].toString());
		    			
	   		   	 	} 
  bw.close();

Por exemplo 

conteudo X.txt                                       conteudo Y.txt                                    conteudo Z.txt
apenas substring(3,31)                        apenas substring(3,31)                      string completa
2008010100001                                   2008010100001                                 60M 2008010100001.....
2008010100001                                   2008010101212                                 60A 2008010100001.........
2008010100001                                   2009999999991                                 60D  2008010100001.........
2008010100001                                                                                              60D  2008010100001.......
2009999999991                                                                                              60D  2008010100001.......
2009999999991                                                                                              60D  2008010100001.......
                                                                                                                        60M 2009999999991....
                                                                                                                        60A 2009999999991.....
                                                                                                                        60D2009999999991.....
                                                                                                                        60D 2009999999991...

public Pegar() throws IOException{
			 // Cria a stream para ler o arquivo original  
			   FileInputStream fin = new FileInputStream("/home/aceneserra/Área de Trabalho/Registro60D.txt");
			   FileInputStream sef = new FileInputStream("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SEF022008.txt");
			 
			      
			   // Cria a stream para gravar o arquivo de cópia  
			   FileOutputStream fout = new FileOutputStream("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SAIDA.txt");  
			     
			   // Usa as streams para criar os canais correspondentes  
			   FileChannel in = fin.getChannel();  
			   FileChannel inSef = sef.getChannel(); 
			   FileChannel out = fout.getChannel();  
			  
			   // Número de bytes do arquivo original  
			   long numbytes = in.size();         
			   long numbytes1 = inSef.size();         
			     
			  
			   // Transfere todo o volume para o arquivo de cópia.   
			   in.transferTo(0, numbytes, out);
			   inSef.transferTo(0,numbytes1,out);   
		}

public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException, IOException{
	    Scanner arquivo = new Scanner(new File("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SEF022008.txt"));
	    Scanner arquivo2 = new Scanner(new File("/home/aceneserra/Área de Trabalho/Registro60D.txt"));
	      	
	        List<String> listaSef = new ArrayList<String>();  
	        List<String> lista60D = new ArrayList<String>();

	        while (arquivo.hasNextLine()) {  
	                   listaSef.add(arquivo.nextLine());  
	               }  
	               while (arquivo2.hasNextLine()) {  
	                   lista60D.add(arquivo2.nextLine());  
	               }  
	               	for(int i=0; i<lista60D.size(); i++){
	               		for (int j=0;j<listaSef.size();j++){
	               			if(lista60D.get(i).substring(3, 30).equals(listaSef.get(j).substring(3, 30))){
	               				
	       
	               				salvar("/home/aceneserra/Área de Trabalho/CERTO.txt", lista60D.get(i)+"\n", true);
	               			}
	               			
	               		}
	               		
	               	}
	           
	      }

public static void salvar(String arquivo, String conteudo, boolean adicionar)
		    throws IOException {

		        FileWriter fw = new FileWriter(arquivo, adicionar);

		        fw.write(conteudo);
		        fw.close();
		    }

import java.io.*;
import java.util.*;

public class Exemplo {
    public static void main (String[] args) throws IOException {
		File arquivoSEF = new File ("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SEF022008.txt");
		File arquivoEntrada = new File ("/home/aceneserra/Área de Trabalho/Registro60D.txt");
		File arquivoSaida = new File ("/home/aceneserra/Área de Trabalho/CERTO.txt");
		
		// Carregando a lista de códigos do arquivo da SEF
		BufferedReader sef = new BufferedReader (new FileReader (arquivoSEF));
		SortedSet <String> codigosSEF = new TreeSet <String> ();
		for (String linha = sef.readLine(); linha != null; linha = sef.readLine()) {
			if (linha.length() >= 30)
				codigosSEF.add (linha.substring(3, 30)); 
		}
		sef.close();

		// Lendo o arquivo de entrada e escrevendo no arquivo de saída
		BufferedReader entrada = new BufferedReader (new FileReader (arquivoEntrada));
		PrintWriter saida = new PrintWriter (new BufferedWriter (new FileWriter (arquivoSaida)));
		for (String linha = entrada.readLine(); linha != null; linha = entrada.readLine()) {
			if (linha.length() >= 30) {
				String codigo = linha.substring (3, 30);
				if (codigosSEF.contains (codigo)) {
					saida.println (linha);
				}
			}
		}
		saida.close();
		entrada.close();
	}
}

package guj;

import java.io.*;
import java.util.*;

public class ExemploLeituraArquivoSEF {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        File arquivoSEF = new File("/home/aceneserra/Área de Trabalho/SEF022008.txt");
        File arquivoEntrada = new File("/home/aceneserra/Área de Trabalho/Registro60D.txt");
        File arquivoSaida = new File("/home/aceneserra/Área de Trabalho/CERTO.txt");

        // Carregando o arquivo Registro60D
        BufferedReader reg60D = new BufferedReader(new FileReader(arquivoEntrada));
        SortedMap<String, List<String>> registros60D = new TreeMap<String, List<String>>();
        for (String linha = reg60D.readLine(); linha != null; linha = reg60D.readLine()) {
            if (linha.length() >= 30) {
                String codigo = linha.substring(3, 30);
                List<String> linhasComMesmoCodigo = registros60D.get(codigo);
                if (linhasComMesmoCodigo == null) {
                    linhasComMesmoCodigo = new ArrayList<String>();
                    registros60D.put(codigo, linhasComMesmoCodigo);
                }
                linhasComMesmoCodigo.add(linha);
            }
        }
        reg60D.close();

        // Lendo o arquivo SEF, correlacionando com o arquivo Registro60D, e escrevendo no arquivo de saída
        BufferedReader sef = new BufferedReader(new FileReader(arquivoSEF));
        PrintWriter saida = new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter(arquivoSaida)));
        for (String linha = sef.readLine(); linha != null; linha = sef.readLine()) {
            if (linha.length() >= 30) {
                String codigo = linha.substring(3, 30);
                saida.println(linha); // a linha original do arquivo SEF
                List<String> linhasComMesmoCodigo = registros60D.get(codigo);
                if (linhasComMesmoCodigo != null) {
                    for (String linhaReg60D : linhasComMesmoCodigo) {
                        saida.println(linhaReg60D); // cada uma das linhas do arquivo Registro60D que tem o mesmo código
                                                    // que aparece no arquivo SEF
                    }
                }
            }
        }
        saida.close();
        sef.close();
    }
}

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.io.RandomAccessFile;

public class LerDoisArquivoeComparar {

	public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException {

		try {
			// pega os arquivos txt´s
			File file = new File("g:/scripts/CERTO2.txt");
			File file2 = new File("g:/scripts/CERTO1.txt");

			FileReader fileReader = new FileReader(file);
			BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(fileReader);

			FileReader fileReader2 = new FileReader(file2);
			BufferedReader bufferedReader2 = new BufferedReader(fileReader2);

			
				while (bufferedReader.ready()) {

					bufferedReader2.ready();

					String linha = bufferedReader.readLine(); // lê uma linha...
					String linha2 = bufferedReader2.readLine(); // lê uma linha...

					if (linha.toString().equals(linha2.toString())) { // verifica se as linhas são iguais
						System.out.println("igual");
						// #####################################################
						RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile(
								"g:/scripts/daniel.txt", "rw");
						raf.seek(raf.length());
						raf.writeBytes(linha + "\r\n");
						raf.close();
						// ######################################################
						System.out.println(linha);
					} else {
						System.out.println("diferente");
					}
				}

			
		} catch (IOException e) {
			throw new RuntimeException(e);
		}

	}

}