Duvida com jframe

O problema é que a thread principal, que normalmente é responsável por desenhar as janelas(manter elas funcionando, clicáveis, etc) está parada esperando por alguma coisa.

Tu tens duas opções, ou atualizar suas telas na mesma rotina que executa o serviço pesado… ou criar uma nova thread que monitora esse serviço pesado e atualizar os valores das janelas.

Ou seja:
1 thread executa o serviço
1 thread que faz analise do status das rotinas rodando na thread anterior, e atualiza as telas
1 thread que é responsavel por desenhar as telas(normalmente a thread principal)

Lembre-se de ter o cuidado de não passar muito tempo em loops que fazem pequenas verificações, pois isso consome muita CPU.
Ou seja, evite algo tipo isso:

public void run(){ while(true){ if(rotinaPesada.estaPronta) break; } fazAlgumaCoisaDepoisQueTermina(); }

Normalmente há boas maneiras de evitar isso.(como disparar eventos que acordam outras threads)