Referente a tipos de tabelas, conforme o Alberes falou, as tabelas do tipo MyISAM costuma ser mais rapido do que a INNODB, porem acredito que não seja este o seu problema.
O que você pode verificar são os indices de suas tabelas, e analisar o plano de consulta que o MySQL está montando (Comando EXPLAIN)
Ex. EXPLAIN COMANDO SQL.
Outro detalhe que da para melhorar no MySQL são as configurações do banco de dados, como buffer de ordenação, etc etc… mas, a grande maioria dos problemas é nos indices, e na montagem da query.
Por isto seria interessante você enviar o seu SQL, juntamente com o resultado do plano de consulta e se possivel alguns dados das tabelas envolvidas, como quantidade de registros, indices, etc etc.
Somente com estes dados é possivel levantar os reais problemas da consulta
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