Inicialmente, você tem que montar um protótipo do seu sistema, fazendo tudo com HTML, CSS, e trabalhando as imagens no Photoshop. Nesta parte você se preocupa mais com a navegação dos links e com o design geral. Provavelmente utilizará um pouco de javascript nesta fase também.
Em relação ao banco de dados você deve usar algum específico? Se não, pode usar o MySQL, HSQLDB, Derby, e outras opções que pode baixar da Internet. Terá que saber os comandos de SQL (pelo menos os mais genéricos, como Insert, Delete, Update, etc)
Depois das tabelas prontas no banco de dados, você terá que utilizar um container web onde sua aplicação residirá. Se for fazer com Java pode usar o Tomcat, e, logicamente, ter um jdk na sua máquina.
Para desenvolver o sistema facilitará o uso de uma IDE. Muita gente usa o Eclipse, mas tem também o NetBeans.
Finalmente terá que encontrar um local para hospedar o sistema para que seja acessível via Internet. Tem vários serviços, como o LocaWeb, por exemplo. Mas se o seu cliente tiver à disposição um servidor, poderá colocar o sistema na Intranet da empresa também.