Duvida sobre a propriedade annotatedClasses

O component-scan, até onde eu saiba é uma configuração do spring, e por esse motivo não pode ser utilizado para mapear as classes para o hibernate.
Caso você não queira mapear na mão as entidades utilize JPA, pois ela possui um scan por todas as classes com a anotação @Entity.

Olá Catel obrigado pela resposta mas creio que não entendeu a pergunta, as classes java estão todas com JPA como segue abaixo:

@Entity

@Table(name=“atividadeeconomica”, schema=“public”)

public class AtividadeEconomica {

@Id
@SequenceGenerator(name="generator_atividadeeconomica", sequenceName="gen_atividadeeconomica")	 
    @GeneratedValue(generator="generator_atividadeeconomica")
@Column(name="atec_id", nullable=false)	
private int atec_id;

A pergunta foi referente ao Scan do Spring que seria o seguinte: Mesmo utilizando JPA no hibernate eu terei que setar todas as classes na propriedade anotationclass ou o scan do spring faz isso automaticamente para mim ?

Então, usar as anotações do javax.persistence não é usar JPA, para usar JPA você deve utilizar o EntityManager ao invés da Session.

Mas respondendo sua pergunta, você deverá referenciar todos os seus modelos, o component-scan do spring é utilizado para injeção de dependencia apenas.