Dúvida sobre leitura em arquivos e dados formatados

 import java.util.Scanner;
 import java.io.FileReader;
 import java.io.FileNotFoundException;
/**
*
* @author Carol
*/
public class InspecaoConteiner {

public String CNPJ;
public String codigoConteiner;
public String pesoConteiner;

public InspecaoConteiner(){
    this.CNPJ = CNPJ;
    this.codigoConteiner = codigoConteiner;
    this.pesoConteiner = pesoConteiner;
    
}
public void setCNPJ(String cnpj){
    this.CNPJ = CNPJ;
}
public String getCNPJ(){
    return this.CNPJ;
}
public void setCodigo(String cod){
    this.codigoConteiner = codigoConteiner;
}
public String getCodigo(){
    return this.codigoConteiner;
}
public void setPeso(String peso){
    this.pesoConteiner = pesoConteiner;
}
public String   getPeso(){
    return this.pesoConteiner;
}

public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException{
   
   String dadosConteiner[] = new String[100];
   InspecaoConteiner[] conteiner = new InspecaoConteiner[20];
   String dadosSeparados;
    
   int numCadastrados;
   int numSelecionados;
    
   Scanner ler = new Scanner(new FileReader("Input.txt"));
   
   numCadastrados = ler.nextInt();
   for(int i = 0; i <= numCadastrados; i++){
       dadosConteiner[i] = ler.nextLine();
       System.out.println(dadosConteiner[i]);
       conteiner[i]= new InspecaoConteiner();
   }
   
   numSelecionados = ler.nextInt();
   for(int j = 0; j <= numSelecionados; j++){
       dadosConteiner[j] = ler.nextLine();
       System.out.println(dadosConteiner[j]);
       conteiner[j]= new InspecaoConteiner();
   }
  
   for(int i = 0; i <= numCadastrados; i++){
        String[] textoSeparado = dadosConteiner[i].split("\\s+");
        conteiner[i].setCodigo(textoSeparado[0]);
        conteiner[i].setCNPJ(textoSeparado[1]);
        conteiner[i].setPeso(textoSeparado[2]);
        System.out.println(conteiner[i].codigoConteiner);
        
   }
   
       
       
   }
   

 }

Estou fazendo um exercício em que o professor já fornece a entrada, com a seguintes informações :
1ª linha: número de linhas a serem lidas/ número de conteiners
2ª linha : String String Float / informações sobre o conteiner
Etc…
O professor só aceita um arquivo inteiro então só posso fazer tudo no mesmo arquivo.

Continuando … Preciso ler cada linha e dividir os dados respectivos para cada conteiner. Procurei aqui, mas ainda não resolvi meu problema, pois preciso criar um objeto cada vez que as informações são lidas. Obrigada!

Ahn? A descrição está bem confusa… O que você precisa, exatamente?
O que eu consegui extrair foi:
Você precisa de um arquivo onde a primeira linha contém as informações do total de linhas a serem lidas e número de containers, ok?
A segunda linha do arquivo conteria o que? Duas String e um Float sobre o container? Como isto estaria separado? Pipe (|)? Aspas?
Por quê pergunto isso? Ora, sabendo isso, é fácil formatar o arquivo.

Sim, a primeira linha do arquivo contem a quantidade de conteiners a serem avaliados. Depois, em cada linha temos o código(string) cnpj(string) peso(float). Cada informação separada por um espaço. Meu problema está em passar essas informações de forma separada para cada objeto conteiner.

Vamos por partes. Imagine que as linhas abaixo ilustram o teu arquivo:
3 ABC ################ 3400.44 DEF ################ 2440.10 GHI ################ 7000.00
Como você leria isso?