Duvida

Como eu poderia resolver esse erro quando eu volto para o menu depois de ter cadastrado uma placa.

package POO;

import java.util.Scanner;

public class Estacionamento {

	public static void main(String[] args) {
		MenuEstacionamento();
	}

	static void MenuEstacionamento() {
		Object matriz[][] = new Object[10][4];
		Scanner input = new Scanner(System.in);
		System.out.println("Iniciando");
		boolean flag = true;
		int opcao;

		while (flag) {
			System.out.println("Opcoes");
			System.out.println("1 - Cadastrar vaga");
			System.out.println("2 - Encerrar vaga");
			System.out.println("0 - Sair");
			System.out.print("Informe a opcao desejada: ");
			opcao = input.nextInt();

			switch (opcao) {
			case 1: {
				CadastrarVaga(matriz);

				break;
			}
			case 2: {
				ListarVagas(matriz);

				break;
			}
			case 0: {
				flag = false;

				break;
			}
			default: {
				System.out.println("Opcao invalida");
				break;
			}
			}

		}
		input.close();
	}

	static void ListarVagas(Object matriz[][]) {
		;
		for (int i = 0; i < 10; i++) {
			for (int j = 0; j < 3; j++) {
				System.out.println("Vaga: " + (i + 1) + " Placa: " + matriz[i][0]);
			}
		}

	}

	static void CadastrarVaga(Object matriz[][]) {
		Scanner input = new Scanner(System.in);
		for (int i = 0; i < 10; i++) {
			for (int j = 0; j < 2; j++) {
				if (matriz[i][0] == null) {
					System.out.println("Vaga " + (i + 1) + " disponivel");
					System.out.print("Informe sua placa: ");
					matriz[i][0] = input.next().toUpperCase();
				} else if (matriz[i][1] == null) {
					System.out.print("Informe a hora: ");
				}
			}
			int opcao;
			System.out.println("Opcoes");
			System.out.println("1 - continuar");
			opcao = input.nextInt();
			if (opcao == 1) {
				continue;

			} else {
				break;
			}
		}
		input.close();

	}
}

Não testei mais acho que são seus BREAK se você rodar e ele sair do programa é certeza que é os BREAK tira fora.

Fiz algumas mudanças e comentários no seu código, não aprofundei nas melhorias por que o intuito não é esse, tendo dúvidas só postar certo? abraços

*Detalhe importante, estude sobre colisões em posições de array, seu algoritmo esta travado quando a isso e vai dar erro.
*Outro detalhe é que após você entender colisões e como tratar, você deve inserir elementos na sua matriz em posições de forma dinâmica e não fixa como fez, quando coloca isso: matriz[i][0]
*Deixei o código comentando um pouco para seu entendimento

boa sorte…

public class Estacionamento {

	public static void main(String[] args) {
		MenuEstacionamento();
	}

	static void MenuEstacionamento() {
		Object matriz[][] = new Object[10][4];
		Scanner input = new Scanner(System.in);
		System.out.println("Iniciando");
		boolean flag = true;
		int opcao;

		while (flag) {
			System.out.println("Opcoes");
			System.out.println("1 - Cadastrar vaga");
			System.out.println("2 - Encerrar vaga");
			System.out.println("0 - Sair");
			System.out.print("Informe a opcao desejada: ");
			opcao = input.nextInt();

			switch (opcao) {
			case 1: {
				CadastrarVaga(matriz);
				break;
			}
			case 2: {
				ListarVagas(matriz);
				break;
			}
			case 0: {
				flag = false;
				break;
			}
			default: {
				System.out.println("Opcao invalida");
				break;
			}
			}

		}
		input.close();
	}

	static void ListarVagas(Object matriz[][]) {
		;
		for (int i = 0; i < 10; i++) {
			for (int j = 0; j < 3; j++) {
				System.out.println("Vaga: " + (i + 1) + " Placa: " + matriz[i][0]);
			}
		}

	}

	static void CadastrarVaga(Object matriz[][]) {
		Scanner input = new Scanner(System.in);
		for (int i = 0; i < 10; i++) {
			for (int j = 0; j < 2; j++) {
				if (matriz[i][0] == null) {
					System.out.println("Vaga " + (i + 1) + " disponivel");
					System.out.print("Informe sua placa: ");
					matriz[i][0] = input.next().toUpperCase();
				} else if (matriz[i][1] == null) {
					
					//Aqui coloquei a informação da hora em uma posição vazia da matriz checando colisão(bem simples você deve aprimorar)
					//para isso foi usado while (Você não estava fazendo nada após o system.out.println. de Informe a hora
					System.out.print("Informe a hora: ");
					boolean horaCadastrada = false;
					int posicao = 1;
					while(!horaCadastrada && matriz[i+posicao++][i] == null){
						matriz[i][i] = input.next().toUpperCase();
						horaCadastrada = true;
					}

				}
			}
			
			//TODO Avalie este trecho de código
			//Pergunta: Qual o intuito do fluxo do sistema solicitar se quer continuar ou não?
			//Consideração: Você deve voltar ao menu principal após realizar a operação de cadastrar vaga ou 
			//usuário permanecer cadastrando novas vagas (faria mais sentindo) 
			//para isso seu metódo teria de ser recursivo ou implementa-lo usando while
			/* FIXME Trecho comentando - Revisar
			int opcao;
			System.out.println("Opcoes");
			System.out.println("1 - continuar");
			opcao = input.nextInt();
			if (opcao == 1) {
				continue;

			} else {
				break;
			}*/
			
			//TODO Nova implementação - Avalie e mude oque julgar necessário a te ajudar.
			boolean cadastrarVagas = false;
			while(!cadastrarVagas){
				System.out.print("\nCadastrar mais vagas? [Sim] - [Não]: ");
				String cadastrar = input.next().toUpperCase();
				
				//Validando null point
				if(cadastrar != null){
					//Verificando variações da opção não
					if("Não".toUpperCase().equals(cadastrar.toUpperCase()) 
							|| "N".toUpperCase().equals(cadastrar.toUpperCase()) 
							|| "Nao".toUpperCase().equals(cadastrar.toUpperCase())){
						
						//Como o usuário informou que não quer cadastrar mais vagas (volta ao menu principal)	
						System.out.print("\n");
						MenuEstacionamento();
					
					//Verificando variações da opção sim
					}else if("Sim".toUpperCase().equals(cadastrar.toUpperCase()) 
							|| "S".toUpperCase().equals(cadastrar.toUpperCase())){
						//Como ele deseja cadastrar novas vagas, então chama-se o metódo novamente para cadastrar vagas.
						System.out.print("\n");
						CadastrarVaga(matriz);
					}else{
						//Caso não digite uma opção válida ficará enternamente no loop while.
						System.out.print("Opção invalida.");
					}
					cadastrar = null;
				}
			}
		}
		input.close();
	}

}