É só criar regrinhas na sua String. Essas regrinhas são o tal do protocolo.
Por exemplo, vamos supor que você queira transmitir o nome de todos os participantes de uma conversa. Você poderia dizer que a mensagem que transmite isso começa com o texto “nomes:” seguido de todos os nomes separados por vírgula. Exemplo:
nomes: Bruno,Vinicius
Agora bastaria separar essa String usando split.
Vamos pegar um exemplo mais complexo. Agora o participante Vinicius quer mandar uma mensagem apenas para o Bruno, não para todos do chat. Você poderia definir que a expressão “cochichar para:” seria seguida do nome de quem irá receber a mensagem, seguido então da mensagem. Por exemplo:
cochichar para: Bruno: Olá bruno!
Perceba que para um sistema, haverá dezenas de mensagens como essas. O importante é que você pense no seu sistema e organize essas mensagens antes de começar a implementação do resto.
Aliás, se você lesse o tópico que linkei, veria que lá tem um exemplo de mensagem para montar uma lista de diretórios.