E ai galera, acho que é um erro de sintaxe aqui:
yago.executeUpdate("update notas set (1parcial) = ('"+jTextField3.getText()+"') where (idnotas) = ('"+jTextField2.getText()+"')");
Olhem:
try{
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection dioney = (Connection) DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost:3306/yago","root", "yago");
Statement yago = (Statement) dioney.createStatement();
yago.executeUpdate("update notas set (1parcial) = ('"+jTextField3.getText()+"') where (idnotas) = ('"+jTextField2.getText()+"')");
JOptionPane.showMessageDialog(null, "NOTA AUALIZADA");
jTextField3.setText("");
dioney.close();
}
catch(Exception e){
System.out.println("erroo");
}
Desde já agradeço a atenção 
