Olá a todos!
Estou precisando de uma ajuda, em relação a executar comandos do CMD através do Java, encontrei vários tópicos a respeito, porem todos tinham as informações que eu já sabia que é executar os comandos normalmente, Explicações dadas, vamos a duvida.
Estou utilizando um software que roda apenas pelo console, cada comando que eu dou pelo Java ( Runtime.getRuntime().exec() ) executa e termina em seguida, queria saber uma maneira de executar o comando, abrir o software e continuar a opera-lo a partir dai, tipo, salvar uma instancia do ultimo comando . Desculpe, não sei se foi possível entender o que eu quis dizer hehehe. Qualquer duvida sobre a pergunta, fiquem a vontade. Obrigado 
Pelo que entendi você tem 2 aplicações, sendo que a aplicação 2 executa a aplicação 1, entretanto após a execução da aplicação 1 o sistema termina a execução.
No seu caso eu criaria um loop com do while e codificava uma maneira de finalizar a execução.
//comandos = string com comando ou array de string para montar a linahd e comando
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(comandos);
Process p = pb.start();
p.waitFor();
system.out.println(p.exitValue())
talvez isso ajude… depois de dar start voce pode manipular o processo criado.
//
bom, com Runtime.exec também gera um Process
depois é só fazer um lopp com
try {
p.exitValue();
return false;
} catch (IllegalThreadStateException e) {
return true;
}