Rodrigo,
Ou vc usa um ou usa outro…
Se usar RMI, poderá chamar métodos (com retorno e passagem de parâmetros) que estão em outro computador. Assim, poderia acessar um método que contivesse uma lógica de negócio que estivesse em outro computador. RMI porém, não é muito fácil de usar, nem muito flexível…
Se usar Servlets, seu servidor deverá estar junto com o Tomcat, as regras de negócio estarão em servlets ou em classes que serão chamadas por servlets. Os servlets recebem parâmetros de entrada, e podem enviar respostas de volta ao cliente.
Se vc usar EJB, irá encapsular neles lógicas de negócio, e instanciá-los no cliente. Eu porém não sei usar EJB´s, pra explicar como isso é feito…
Seu grande problema é colocar as regras de negócio em classes que não estão na máquina cliente, existem diversas tecnologias para se rodar código que está em outro computador. Entre elas uma que ninguém veiculou, o uso de Web-Services. Usando Tomcat+Axis vc encapsula regras de negócio em pontos distintos de rede com muita facilidade.
Pesquise um pouco e veja a solução que lhe deixa mais confortável no desenvolvimento.
Abraços!