Diferenças?
Melhorias?
Os códigos do Hibernate 1.2.5 compilam no 2.1.2 ?
Muitas, Sim, Nao.
Muitas, Muitas, Nao.
Nossa, ter que reescrever o código, isso é um grande balde de água fria
para todo desenvolvedor.
Balde d’água fria? Portar de uma versao mais velha pra mais nova, que tem uma tonelada de melhorias, e muito mais documentacao, inclusive um guia pra lah de detalhado sobre como fazer a migracao? Po 
Alem disso, isso aqui nao eh M$. Se tem que quebrar codigo para aumentar qualidade do produto , que quebre mesmo.
Eu prefiro que o produto melhore, do que fique estanque. Alem do mais, quem quiser continuar usando o Hibernate 1.x , pode continuar usando. Nao serao criadas novas funcionalidades, mas acho que se alguem achar um bug grotesco, a equipe de desenvolvimento vai consertar.
O Hibernate 2.x parece ter uma arquitetura mais escalavel. Para isso acredito que teve que realizar mudancas mais substanciais.
Ok gente, o meu comentário foi apenas a minha mísera opinião.
No stress 
Das melhorias da versão 2, qual ou quais vocês mais gostaram ?
1º e mais importante - correçoes de bugs. Se vc acompanhar o changelog do hibernate vc vai ver 
2 - Aumento de compatibilidade com vários servidores de aplicações e bancos de dados. Estou falando de tirar o maximo de proveito de cada um…
3 - Otimização na performance: cache, cglib, proxies, lazy-loading, joins, queries otimizadas.
4 - Melhoria na integração com o C3P0, DBCP…
5 - melhorias na HQL e na Criteria API
6 - o “fetch” na query HQL
7 - os métodos: session.evict(), sessino.get(), session.contains()
8 - cascade=“all-delete-orphan”
as mais recentes:
9 - Session.createSQLQuery() - sql nativo
10 - Criteria.createCriteria(Usuario.class)
11 - Example queries
mas o melhor mesmo, cada vez mais estável. Correções de bugs, só isto já é um motivo para atualizar