HIbernate não fecha a conexão

Mesmo com o session.close() a conexão continua aberta (Banco MySQL)

hibernate.cfg:

	<!-- Configurações de Conexão com o Banco de Dados -->
	<property name="connection.driver_class">com.mysql.jdbc.Driver</property>
	<property name="connection.url">jdbc:mysql://localhost:3307/helpdesk</property>
	<property name="connection.username">root</property>
	<property name="connection.password">********</property>

	<property name="hibernate.format_sql">true</property>
	
	<property name="AutoCloseSessionEnabled">true</property>

	<!-- Pool de Conexões -->
	<property name="hibernate.c3p0.acquire_increment">1</property>
	<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period">300</property>
	<property name="hibernate.c3p0.timeout">120</property>
	<property name="hibernate.c3p0.max_size">30</property>
	<property name="hibernate.c3p0.min_size">5</property>
	<property name="hibernate.c3p0.max_statement">0</property>
	<property name="hibernate.c3p0.preferredTestQuery">select 1;</property>

	<!-- SQL dialect -->
	<property name="dialect">org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect</property>

	<!-- Cache de Segundo Nível -->
	<property name="cache.provider_class">org.hibernate.cache.internal.NoCacheProvider</property>

	<!-- Mostra as SQLs Geradas -->
	<property name="show_sql">true</property>

	<!-- Cria as tabelas do banco de dados -->
	<property name="hbm2ddl.auto">update</property>

Veja se esse tópico pode te ajudar: Conexões inativa no banco

Session não é a conexao direta com o banco de dados, é a sessão gerenciada pelo Hibernate. Se quiser fechar imediatamente a conexao independente de configuracoes, veja alguma forma de mandar fechar a connection JDBC de verdade.