Idéia de como Estruturar software em Java

Package é tudo em letra minúscula, pois como mapeia nomes de diretórios e alguns sistemas operacionais acabam sendo meio confusos em relação a maiúsculas/minúsculas nos nomes de arquivos e diretórios, acharam melhor assim.

E realmente é só uma questão de organizar os arquivos, pra não ficar centenas deles em um único lugar, então não faz uma enorme diferença o modo como você cria os packages. Eu nem diria que “é uma das coisas de OOP”, pois não impacta muito no funcionamento da sua aplicação. Mas mesmo assim a divisão proposta parece adequada.

é bom especificar também o pacote de cadastro como:

• Funcionarios
• Clientes
• Produtos

em pacotes separados para que cada um deles contenham suas respectivas classes, ficando ainda mais organizadas.
Um bom padrão para nomear pacotes também seria:

br.projeto.funcionarios

br - Brasil
projeto - o nome do seu projeto
classes - suas respectivas classes (clientes, funcionários, relatórios)

Exemplo: br.gerentecontabil.clientes

Na verdade a convenção adotada para o começo do nome do package é o domínio da empresa ao contrário (ex.: br.com.guj) + nome do projeto.
Isso é para garantir que não irá haver duplicidade no nome das classes quando começar a utilizá-las em outros lugares.

Agora lembrei também que no ano passado saiu um artigo na JavaBoutique dando umas orientações de como criar organizar seus packages, então seria interessante ler também: http://javaboutique.internet.com/Stablepackage/

existe também uma recomendação da SUN para os nomes de pacotes,
prefixalos com o dominio da sua empresa ao contrario, assim evita conflitos por exemplo se eu e você estamos desenvolvendo um software de cadastro de clientes para duas empresas poderiamos criar a classe
cadastro.dao.Cliente

se utilizarmos este padrão recomendado pela sun, no meu caso ficaria:
br.com.usiinformatica.cadastro.dao.Cliente

evitando assim que os nossos sistemas possuam uma classe com o mesmo nome no mesmo pacote, e possibilitando que os dois rodem dentro da mesma JVM sem conflitos