Iniciar programa compactado (.jar)

Vc deve indicar a classe que possui o

public static void main(String[] args)(){}

é classe que vai roda sua aplicação.

por exemplo: se sua classe TelaPrincipal tem o public void main é ela que vc deve indicar.

Bom dia.
Sim, mas eu posso inicar uma diretamente na camada GUI ou tenho quer criar um na raiz da aplicação?

import javax.swing.SwingUtilities;

public class Example extends JFrame {

    public static void main(String[] args) {
        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
            public void run() {
                ClasseSwingPrincipal ex = new ClasseSwingPrincipal();
                ex.setVisible(true);
            }
        });
    }
}

Note que você precisa substituir a classe chamada ClasseSwingPrincipal pela classe correspondente á tela principal do seu sistema que, pelo que você disse, está dentro do pacote GUI.

Abraço.

Outra dúvida.
Existe o Swing, que é o que estou usando. Porém, há outros Frameworks (Não sei exatamente se o Swing é um Framework) com o mesmo intuito que ele?

Há outras bibliotecas, porém a maioria tem como base a classe swing.

http://www.jgoodies.com/

jgoodies é um bom exemplo de biblioteca com muito recursos.

luizpicolo
Além das bibliotecas baseadas no Swing (como o citado jgoodies e o SwingX), há outras opções independentes dele, como o javafx 2 (bastante evoluído, e deve substituir o Swing como padrão), o SWT (usado para construir o Eclipse), Apache Pivot e Qt Jambi (wrapper para o Qt), dentre outros. Uma pequena visão deles: http://stackoverflow.com/questions/7358775/java-gui-frameworks-what-to-choose-swing-swt-awt-swingx-jgoodies-javafx.

Abraço.

Cara, eu tentei usar o JGoodie, mas alguém tem um tutorial legal ai, ou poderia explicar, como utilizar?

A bola da vez para fazer interfaces em Java é o JavaFX.