Olha essa é uma dúvida que eu tb tenho e que procuro solucionar a algum tempo e vou compartilhar os meus conhecimentos adquiridos:
Sobre o Eclipse:
O Eclipse vem demonstrando ser uma plataforma bastante confiável, e muito boa para se trabalhar oferece bastante ferramentas e facilidades além da grande quantidade de plugins possui uma grande vantagem que é ser gratuito…
Sobre o JBuilder:
A primeira vista achei o JBuilder mais completo ao mesmo tempo tb achei mais complicado ele oferece ao meu modo de ver ferramentas prontas (assim como o C++ Builder ou Delphi) ele tem uma grande desvantagem que é ser pago (e pelo que ouvir falar coloca pago nisso), tb achei o modo visual dele melhor que o do Eclipse (plugin VEP)
Conclusão:
Comecei com o Eclipse, passei para o JBuilder mas rapidamente voltei ao Eclipse, é mais braçal mas mesmo assim me sinto mais a vontade com ele, além do que é uma plataforma que a maioria dos programadores estão usando logo vc irá encontrar muitas informações pela net e aqui mesmo no PJ. Mas não retiro o mérito do JBuilder, sinceramente fiquei meio perdido com ele mas com certeza é uma ferramenta incrivel mas mais complicada de trabalhar agora acho que vc deve testar os dois a sua maneira para ver com qual vc trabalha melhor.
Mas vc não pode esquecer que tem uma grande vantagem do seu lado, se a sua faculdade vai trabalhar com JBuilder com certeza ela terá como iniciar vc de maneira correta facilitando assim seu entendimento nesta plataforma…
No final das contas acho que vc acabará utilizando o Eclipse mas vai saber né???
Espero ter ajudado
Um abraço e até mais…
Obs.: Com certeza existem pessoas com idéias e gostos diferentes do meu assim vc deve ouvir a opnião de todos… Além do que não sou expert no assunto e uma outra pessoa pode lhe mostrar outras vantagens e desvantagens dessas ferramentas fantásticas…