Não consegui fazer o que eu queria, mas em compensação consegui descobrir algumas funcionalidades do JMapFrame que me permitem fazer algumas coisas que eu precisava.
Ainda faltam umas coisas e gostaria que se alguém souber, me ajude.
Na classe ExercicioRQL eu crio os seguintes objetos.
public class ExercicioRQL {
File fileLote = new File("C:/shp/PRVAI_Lote.shp");
File fileQuadra = new File("C:/shp/PRVAI_Quadra.shp");
File fileRua = new File("C:/shp/PRVAI_Rua.shp");
FileDataStore storeLote;
FileDataStore storeQuadra;
FileDataStore storeRua;
@SuppressWarnings("unchecked")
FeatureSource featureSourceLote;
@SuppressWarnings("unchecked")
FeatureSource featureSourceQuadra;
@SuppressWarnings("unchecked")
FeatureSource featureSourceRua;
Style shpLotes = SLD.createPolygonStyle(Color.RED, null, 0.0f);
Style shpQuadras = SLD.createPolygonStyle(Color.BLUE, null, 0.0f);
Style shpRuas = SLD.createPolygonStyle(Color.BLACK, null, 0.0f);
MapContext mapaContexto = new DefaultMapContext();
JMapFrame mapa = new JMapFrame();
Aonde eu crio três objetos do tipo File e carrego arquivos .shp que estão no meu computador.
Crio três objetos do tipo FileDataStore, três objetos do tipo FeatureSource, três objetos do tipo Style, um objeto do tipo MapContext e um objeto do tipo JMapFrame.
Logo em seguida vem meu primeiro método.
public void abreLotes() throws IOException{
storeLote = FileDataStoreFinder.getDataStore(fileLote);
storeQuadra = FileDataStoreFinder.getDataStore(fileQuadra);
storeRua = FileDataStoreFinder.getDataStore(fileRua);
featureSourceLote = storeLote.getFeatureSource();
featureSourceQuadra = storeQuadra.getFeatureSource();
featureSourceRua = storeRua.getFeatureSource();
mapaContexto.setTitle("Paranavaí");
mapaContexto.addLayer(featureSourceLote, shpLotes);
mapaContexto.addLayer(featureSourceQuadra, shpQuadras);
mapaContexto.addLayer(featureSourceRua, shpRuas);
criaMapa();
}
Nele eu atribuo aos meus objetos FileDataStore, os meus objetos do tipo File através do método getDataStore.
Logo em seguida atribuo aos meus objetos FeatureSoruce os objetos do tipo FileDataStore através do getFeatureSource.
Enfim, atribuo ao meu objeto do tipo MapContext um título e três layers, cada uma contendo um FeatureSource e um Style e em seguida chamo meu método criaMapa;
public void criaMapa() {
montaMenu();
mapa.enableInputMethods(true);
mapa.enableStatusBar(true);
mapa.enableToolBar(true);
mapa.enableLayerTable(true);
mapa.setMapContext(mapaContexto);
mapa.setBounds(0, 0, 1250, 900);
mapa.setVisible(true);
}
A primeira coisa que esse método faz é chamar um outro método aonde eu crio uma JMenuBar com JMenu’s e JMenuItem, que não tem tanta importância nesse caso, imagino eu.
Ao voltar desse método, ele faz o seguinte.
Habilita no mapa(meu objeto JMapFrame) algumas coisas, como barra de status(enableStatusBar), barra de ferramentas(enableToolBar), tabela de layer (enableLayerTable) e também esse enableInputMethods(não sei para que serve ainda, se alguém souber me explica hehe).
Em seguida coloco meu objeto MapContext no meu JMapFrame para ser visualizado e seto o tamanho da minha JMapFrame.
e finalmente, faço com que ela apareça na tela pra mim.
Minha dúvida é a seguinte, ao executar meu programa ele me da a seguinte tela:

Os três layers carregados deveriam aparecer na parte Layers da tela, digo os nomes deles, dos arquivos, mas não aparecem.
Gostaria de saber se alguém sabe como eu faço para eles aparecerem, para que eu possa interagir com essas layers.
Se foi algo que eu não coloquei ou que eu errei ou é de outra maneira que eu devo fazer, por favor me ajudem.
Obs.: Tentei explicar o melhor que eu pude, mas se tiver ainda alguma dúvida, perguntem que eu irei tentar esclarecer. 
Agradeço desde já.
Abraços a todos