for (int i = 0; i < A.length; i++) {
B[i] = BigDecimal.valueOf(Math.sqrt(A[i])).setScale(2, RoundingMode.HALF_UP).doubleValue();
}
Através do método setScale vc pode definir a quantidade de casas decimais, no caso eu usei 2, e a estrátegia de arredondamento, no caso a HALF_UP, mas vc pode usar a que mais se adequar para sua necessidade, veja mais aqui.