#Appender and its layout for A1
log4j.appender.A1=org.apache.log4j.DailyRollingFileAppender
log4j.appender.A1.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.A1.layout.ConversionPattern=%d [%t] %-5p %n%m%n
log4j.appender.A1.Threshold=DEBUG
log4j.appender.A1.File=/opt/error/debug_log.log
log4j.appender.A1.Append=true
Não só pode como deve. Como você não diz qual categoria quer em cada appender, qualquer chamada aos métodos de log vão parar na categoria geral (rootCategory, que você definiu na primeira linha).
No seu caso os dois appenders estão configurados para a categoria geral, por isso aparece log neles.
Eu fiz a separação por categoria, mas assim ainda duplica o log. Quando uso logger default a aplicação escreve no primeiro arquivo, já quando uso o logger passando a string categori.2 ele escreve nos dois arquivos.
Cara a demanda era questão de urgência, eu acabei utilizando outro artificio para gerar este log, mas eu fiquei com curiosidade sobre esse comportamento do ExtJS eu vou implementar um teste com isso e posto as dúvidas aqui.