Mapeamento Chaves Composta JPA+Hibernate

Você pode criar uma classe que represente estas chaves.
Exemplo de uso de EmbeddedId

Eu uso uma Classe PK para cada entidade para utilizar o find ou getReference;

@Entity

@Table(name = “PRODUTO”)

@IdClass(value = ProdutoPK.class)

public class Produto implements Serializable {

private static final long serialVersionUID = 1L;

@Id
@Column(name = "CK_DEL")
private BigInteger ckDel;

    @Id
private Integer cod_empresa;

@Id
@Column(name = "CODIGO")
private Integer codigo;

}

public class ProdutoPK implements Serializable {
private static final long serialVersionUID = 1L;

@Column(name = "CK_DEL")
private BigInteger ckDel;

private Integer cod_empresa;


@Column(name = "CODIGO")
private Integer codigo;

}

Há uma maneira de referenciar cada uma das join columns, de acordo com as colunas que compõem a PK de outra tabela.
Veja aqui a segunda resposta

Olhando os exemplos que passou, me parece que a minha modelagem é diferente pois eu tenho chaves primárias compostas mas a chave estrangeira é simples na classe produto tenho apenas a referencia COD_GRUPO, mas Grupo tem chave primária composta.
veja como fica a disposicao dos dados nas tabelas na imagem abaixo:
Imagem Dados

É por isso que eu acho um grande erro colocar chaves compostas. A ideia de chave primaria é garantir que nenhuma tupla tenha valores iguais ao das demais. Isso se consegue com uma PK auto incrementável e colocando unique nos campos que não se quer duplicar.
Você tentou deixar sem a anotação @JoinColumn e deixar a propriedade hibernate.hbm2ddl.auto como update e ver como o hibernate se vira com esse problema?