Usar este FreeBSD e tentar fazer funcionar Java nele sem nenhuma garantia da Sun que isto vai dar certo.
Usar uma outra máquina com Linux e ver o Java funcionando numa boa fluentemente
Usar uma das máquinas Win2000 para funcionar como Servidor de aplicações e rezar para que quando alguém por algum motivo desligar a máquina o prejudicado não seja você (nem seu chefe)
Explicando o que o Luca disse a respeito do FreeBSD (e outros sabores do BSD):
O problema do *BSD com o Java é que são versões criadas por terceiros (não pela Sun) a partir da versão Linux do código-fonte SCSL.
Como você deve saber, o Linux não é o FreeBSD e tem algumas APIs diferentes, ou que se comportam diferentemente.
Outra coisa é que o código SCSL não é atualizado (por exemplo, está disponível o código da 1.4.2, mas não o da 1.4.2_01, 1.4.2_02, … 1.4.2_07, que corrigem vários erros da versão original 1.4.2. Portanto ele serve como referência, mas não para produção.
Então o pessoal tenta, com boa vontade, fazer o Java funcionar no *BSD, mas sempre tem alguma coisinha que dá problemas.