Estava programando em JavaScript pelo notepad++ e não consigo executar o seguinte script:
var scarlet = document.getElementById(“scarlet”);
scarlet.style.color = “#FF0000”;
var indigo = document.getElementById(“indigo”);
indigo.style.backgroundColor = “#000066”;
O que tem de errado nele?
Só pra constar que existem dois elementos com os ids referidos! (indigo e scarlet)
A sua tag <script>
esta dentro da sua tag <head>
ou antes da tag de fechamento da tag de fechamento do </body>
?
Se tiver dentro da tag <head>
pega a tag <script>
e coloca antes da tag de fechamento do </body>
.
Coloca seu código aqui para entendermos melhor.
Minha tag script estava dentro da tag head. Coloquei aqui antes da tag de fechamento body, como você disse e funcionou, obrigado mesmo! Mas por que não funcionou dentro da tag head?
Quando o navegador lê o seu HTML ele começa pela primeira linha e depois vai pra segunda e assim por diante. Quando ele chega na linha que esta sua tag <script>
responsável por carregar seu arquivo JavaScript, o que acontece é que o navegador para nessa linha do HTML e só volta nela após ler todo o seu JavaScript. Mas a primeira linha do JavaScript:
var scarlet = document.getElementById("scarlet");
está procurando um elemento dentro do document (documento HTML) com o ID scarlet. Que o navegador não leu ainda. Por este motivo não funcionou.
Entendeu man. Se você não entendeu não tem problema posso explicar de outra forma. 
O importante é você entender.
De boas man. Precisando posta dúvidas aí que a galera ajuda.
Colaborando com o @MarcoBruno
Como você ainda não tem o elemento em tela para manipular, você pode usar a função ready() da API do jQuery.
<!DOCTYPE html>
<html lang="pt-br">
<head>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function () {
var scarlet = document.getElementById("scarlet");
scarlet.style.color = "#FF0000";
var indigo = document.getElementById("indigo");
indigo.style.backgroundColor = "#000066";
});
</script>
</head>
<body>
<!-- (corpo da pagina) -->
<!-- Importando biblioteca jQuery -->
<script type="text/javascript" src="lib/jquery/jquery.min.js"></script>
</body>
</html>
As rotinas dentro da função ready() somente serão executadas depois que todo o DOM for carregado, garantindo que qualquer coisa do HTML que queria ser manipulada já esteja presente. 
Mais detalhes podem ser vistos aqui:
https://api.jquery.com/ready/