Prevayler é apenas uma ferramenta para armazenar a sua estrutura de dados em memoria, e o mecanismo de persistencia dele consiste em gravar os objetos serializados em disco. Nao é indicado para qualquer projeto “de verdade”, pois lhe causa muitos problemas quando o modelo de dados for alterado (voce é obrigado a fazer a migracao de objetos no braco), tempo de startup (tente carregar dezenas de megas de dados serializados em memoria e veja o tempo que leva, para no meio descobrir que a sua migracao do modelo de dados esta incorreta), nao ha suporte real pelos desenvolvedores, e assim vai…
Hibernate é uma ferramenta de mapeamento objeto relacional - ou seja, voce mapeia as suas classes e propriedades para tabelas -, e o hibernate cuida de fazer a persistencia, busca e etc. Na maior parte do tempo ele te livra da necessdade de escrever SQL diretamente, e conta com mecanismos avancados de caching.
A melhor coisa a fazer eh definitivamente utilizar Hibernate. Voce esta com duvidas / dificuldades com ele? Diga quais sao ;).
Alem disso, ja leu os tutoriais do GUJ sobre Hibernate? Da mesma forma, ha varias mensagens no forum (utilize a Busca) sobre o assunto, que certamente lhe ajudarao.
Rafael