Problema no WORKBENCH - várias chaves são adicionadas

Gente, por favor!
Quando uso o mysql workbench arrastando soltando tabelas ele “puxa” as chaves primárias de todas as tabelas relacionadas, por exemplo:
a tabela “cidade” tem um FK da tabela “estado” e esta tem uma FK da tabela “pais”, assim:
pais ---------< estado ------------< cidade
aí quando eu crio uma relacao entre “cidade” para tabela “pessoa” em vez de apenas a chave cidade_id ser inserida na tabela “pessoa” o WORKBENCH insere todas as chaves
-cidade_id
-cidade_estado_id
-cidade_estado_pais_id
Isso gera um grande trabalho na hora de desenvolver sistemas que inserem dados,Pois é preciso setar todos os id’s. Ainda mais quando se usa JPA é exigido que todas essas chaves estejam na tabela.
Resumindo, tem como evitar o uso delas e usar apenas cidade_id pra simplificar o desenvolvimento com JPA???

Pelo visto você não sabe muito sobre regras de normalização e modelagem entidade relacionamento, não é mesmo?
Existe uma regra que diz que cada tabela dependente deve receber uma coluna para cada tabela da qual depende.
Ou seja, poderíamos dizer isso sobre a árvore genealógica de Adão, sendo modelada segundo esta regra:
Adao - adao_pk
Sete - sete_pk, adao_fk
Enos - enos_pk, sete_fk, adao_fk
Cainan - cainan_pk, enos_fk, sete_fk, adao_fk
Mahalalel - mahalalel_pk, cainan_fk, enos_fk, sete_fk, adao_fk
Jarede - jarede_pk, mahalalel_fk, cainan_fk, enos_fk, sete_fk, adao_fk
Enoque - enoque_pk, jarede_fk, mahalalel_fk, cainan_fk, enos_fk, sete_fk, adao_fk

Ficou claro?
É lógico que isso, na maioria das vezes, não é utilizado por N questões. Portanto, defina se prefere manter-se fiel ao modelo ou à implementação do teu modelo.

Ótimo exemplo bíblico cara!
Onde agente pode conhecer essas regras? poderia me indicar um livro bom?
comprei um do C.J. DATE “SQL e teoria relacional”, mas ainda não cheguei nesse ponto!
Os exemplos que temos, a maioria deles só existe a chave da tabela mais próxima.
tipo:
Adao - adao_pk
Sete - sete_pk, adao_fk
Enos - enos_pk, sete_fk
Cainan - cainan_pk, enos_fk
Mahalalel - mahalalel_pk, cainan_fk
Jarede - jarede_pk, mahalalel_fk
Enoque - enoque_pk, jarede_fk