Eu tento chamar o método Char() na classe principal. Quando eu coloco uma string funciona, mas quando eu coloco uma variável do tipo String, da erro ArrayIndexOutOfBoundsException
Primeiro problema:String não é um tipo primitivo, então se você usar os operadores == ou != você estará comparando a referência (o endereço de memória) e não o conteúdo.
Para comparar se um objeto String é igual ao outro, você tem que utilizar o método equals.
Segundo problema: Se for informado um valor que não está no array, vai acontecer um ArrayIndexOutOfBounds exception pois você sempre incrementa os contadores i e j.
Você só deve percorrer o array tantos elementos quantos ele possuir.