Caro amigo, sinta-se a vontade para perguntar, afinal estamos aqui para isso, 
Neste endereço, http://www.guj.com.br/posts/list/186448.java, existe uma discursão sobre o método main que acho que pode lhe ajudar, mas a ideia que quis passar foi a seguinte:
Normalmente em seu projeto Java, você terá uma única classe que possuirá o método public static void main(String args[]), pois esse método é chamado pela JVM para iniciar a aplicação.
Dependendo da estrutura do seu sistema, você pode colocar dentro do seu método main chamada(s) a método(s) que criem uma tela específica para o seu sistema, com menus, botões etc.
A partir dessa classe principal, você pode fazer chamadas para vários outros objetos (instâncias de outras classes) de acordo com suas necessiades.
Observe que no exemplo anterior tenho uma classe chamada MeuPrograma que possui o método main. Essa classe será carregada e automaticamente o método main será chamado pela JVM.
Neste caso, o dentro do método main é criada uma instância da classe ClasseNegocio para o objeto negocio com a passagem do parâmetro “Wagner” através do seu construtor que recebe uma String como parametro.
Logo em seguida, é feita a chamada ao método meuMetodo() através do objeto negocio que é uma instância da classe ClasseNegocio.
O método meuMetodo(), simplesmente, escreve no console um texto concatenando com o parametro enviado, porém poderia ser qualque outra coisa, como por exemplo uma validação de cpf, de data, de comprimento do atributo nomeChamador, etc.
Acho que sua dificuldade está em entender como fazer os “relacionamentos” entre suas classes. Se for isso, não existe uma regra de como fazer isso, mas normalmente você deve tentar dividir as responsabilidades de cada classe.
Crie classes responsávels por renderizar as telas (forms, botões, menus etc), classes responsáveis por realizar as validações , as regras de negócio de maneira geral, e crie classes para realizar a persitências de objetos persistentes (normalmente valores repassados através de formulários).
Mas lembre, isso não é uma regra de como trabalhar com java. Caso alguém queira, pode fazer tudo em uma só classe com vários métodos estáticos, mas isso vira uma verdadeira quebra de vários princípios de OO.
** A apostila da Caelum citada pelo colega realmente é muito boa. Sugiro que dê uma olhada nela e em vários artigos da Caelum que possuem muito conteúdo explicativo.