Conforme sugestões bem dadas, estou editando este tópico, pra ver se fica fácil de entender minha dúvida;
Minha dúvida não é no java em si, isso eu entendo, é que ta me faltando lógica para fazer isto.
Primeiramente vejamos os dados que tenho
CONSULTA 1: (Retorna entradas e saidas)
SELECT COUNT(m.id) as total,
tm.nome as movimentacao, tm.id as idMovimentacao,
e.nome as equipe, e.id as idEquipe,
i.nome as instancia, i.id as idInstancia
FROM movimentacoes m
RIGHT JOIN tipomovimentacoes tm ON tm.id = m.idMovimentacao
AND m.dataHora BETWEEN "2010-09-01" AND "2010-09-30"
AND m.idMovimentacao IN (1,14)
RIGHT JOIN equipes e ON m.idEquipe = e.id
RIGHT JOIN instancias i ON i.id = m.idInstancia
GROUP BY i.nome, e.nome, tm.nome
RETORNA:

CONSULTA 2: (Retorna SALDO FINAL)
SELECT COUNT(m.id) as saldoTotal,
tm.nome as movimentacao, tm.id as idMovimentacao,
e.nome as equipe, e.id as idEquipe,
i.nome as instancia, i.id as idInstancia
FROM movimentacoes m
RIGHT JOIN tipomovimentacoes tm ON tm.id = m.idMovimentacao
AND m.idMovimentacao NOT IN (14)
RIGHT JOIN equipes e ON m.idEquipe = e.id
RIGHT JOIN instancias i ON i.id = m.idInstancia
GROUP BY i.nome, e.nome, tm.nome
RETORNA:

Tudo isso para gerar esse relatório:
RELATÓRIO:

EXPLICANDO O RELATÓRIO:
- PRIMEIRA COLUNA:
A primeira coluna lista as EQUIPES, dentro de cada INSTANCIA; - SEGUNDA COLUNA:
Lista o total quando a movimentação é ENTRADA - TERCEIRA COLUNA:
Lista o total quando a movimentação é Saída de Análise. - QUARTA E QUINTA COLUNAS PODEMOS PULAR
- SEXTA COLUNA:
Utiliza a segunda consulta, pois retorna o saldo Total.
As tabela eu vou gerar um HTML,
Grato