Boa tarde a todos.
Bom, depois de muita insistência, finalmente consegui fazer o Spring injetar meus benditos beans corretamente e consegui entender o que estava acontecendo. 
Vamos lá, vou compartilhar com vcs oque aconteceu, para que, diferente de mim, vcs tenham algum suporte aqui no fórum caso passem pela mesma situação.
Primeiramente a causa do problema:
Olhando a estrutura da aplicação que postei anteriormente, logo se ve que trata-se de uma integração envolvendo Hibernate, Spring e BlazeDS.
A principal causa do meu problema se encontrava na estrutura do BlazeDS, pois até então não havia integração com os recursos providos pelo Spring.
O que acontecia na verdade era o seguinte: Quando minha aplicação era iniciada a configuração existente em meu applicationContext se encarregava de montar a BeanFactory do Spring assim como todos os seus recursos. Assim que toda a estrutura do Back-end era carregada o Front-end(Flex) era invocado. Quando eu realizo alguma operação no Front-end que necessite interagir com o Back-end, é o BlazeDS se encarrega desta comunicação (através do channel AMF neste caso), e neste momento ao invés dele fazer referencia aos beans que o Spring já havia carregado ele fazia referencia diretamente nas classes de serviço da minha aplicação, gerando uma nova instancia da mesma.
Todas as dependencias desta nova instancia eram nulas, pois não se tratava dos Beans já carregados pelo Spring. Na verdade o Spring estava injetando os Beans corretamente, mas pelo fato do BlazeDS não estar configurado corretamente eu tinha a impressão de que isto não estava acontecendo.
Para resolver isto foi ralizada uma integração do BlazeDS com o Spring através da classe SpringFactory disponibilizada aqui. Com a classe no projeto bastou configurar os arquivos services-config.xml e remoting-config.xml do Flex para que o BlazeDS passasse a solicitar referencias dos Beans existentes na BeanFactory do Spring ao invés de “instanciar” novas referencias das classes. 8)
Bom vou postar aqui o que foi mudado em relação a estrutura do post anterior para ficar mais claro: 
services-config.xml - Antes:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<services-config>
<services>
<service-include file-path="remoting-config.xml" />
<service-include file-path="proxy-config.xml" />
<service-include file-path="messaging-config.xml" />
</services>
<security>
<login-command class="flex.messaging.security.TomcatLoginCommand" server="Tomcat"/>
</security>
<channels>
<channel-definition id="my-amf" class="mx.messaging.channels.AMFChannel">
<endpoint url="http://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amf" class="flex.messaging.endpoints.AMFEndpoint"/>
</channel-definition>
<channel-definition id="my-secure-amf" class="mx.messaging.channels.SecureAMFChannel">
<endpoint url="https://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amfsecure" class="flex.messaging.endpoints.SecureAMFEndpoint"/>
<properties>
<add-no-cache-headers>false</add-no-cache-headers>
</properties>
</channel-definition>
<channel-definition id="my-polling-amf" class="mx.messaging.channels.AMFChannel">
<endpoint url="http://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amfpolling" class="flex.messaging.endpoints.AMFEndpoint"/>
<properties>
<polling-enabled>true</polling-enabled>
<polling-interval-seconds>4</polling-interval-seconds>
</properties>
</channel-definition>
</channels>
<logging>
<target class="flex.messaging.log.ConsoleTarget"
level="Error">
<properties>
<prefix>[BlazeDS]</prefix>
<includeDate>true</includeDate>
<includeTime>false</includeTime>
<includeLevel>true</includeLevel>
<includeCategory>true</includeCategory>
</properties>
<filters>
<pattern>Endpoint.*</pattern>
<pattern>Service.*</pattern>
<pattern>Message.*</pattern>
<pattern>DataService.*</pattern>
<pattern>Configuration</pattern>
</filters>
</target>
</logging>
<system>
<redeploy>
<enabled>true</enabled>
<watch-interval>20</watch-interval>
<watch-file>
{context.root}/WEB-INF/flex/services-config.xml
</watch-file>
<watch-file>
{context.root}/WEB-INF/flex/remoting-config.xml
</watch-file>
<touch-file>{context.root}/WEB-INF/web.xml</touch-file>
</redeploy>
</system>
</services-config>
services-config.xml - Depois:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<services-config>
<services>
<service-include file-path="remoting-config.xml" />
<service-include file-path="proxy-config.xml" />
<service-include file-path="messaging-config.xml" />
</services>
<security>
<login-command class="flex.messaging.security.TomcatLoginCommand" server="Tomcat"/>
</security>
<!-- Spring factory registration -->
<factories>
<factory id="spring"
class="infraestrutura.factory.SpringFactory"/> //FQN da classe SpringFactory.java
</factories>
<channels>
<channel-definition id="my-amf" class="mx.messaging.channels.AMFChannel">
<endpoint url="http://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amf" class="flex.messaging.endpoints.AMFEndpoint"/>
</channel-definition>
<channel-definition id="my-secure-amf" class="mx.messaging.channels.SecureAMFChannel">
<endpoint url="https://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amfsecure" class="flex.messaging.endpoints.SecureAMFEndpoint"/>
<properties>
<add-no-cache-headers>false</add-no-cache-headers>
</properties>
</channel-definition>
<channel-definition id="my-polling-amf" class="mx.messaging.channels.AMFChannel">
<endpoint url="http://{server.name}:{server.port}/{context.root}/messagebroker/amfpolling" class="flex.messaging.endpoints.AMFEndpoint"/>
<properties>
<polling-enabled>true</polling-enabled>
<polling-interval-seconds>4</polling-interval-seconds>
</properties>
</channel-definition>
</channels>
<logging>
<target class="flex.messaging.log.ConsoleTarget"
level="Error">
<properties>
<prefix>[BlazeDS]</prefix>
<includeDate>true</includeDate>
<includeTime>false</includeTime>
<includeLevel>true</includeLevel>
<includeCategory>true</includeCategory>
</properties>
<filters>
<pattern>Endpoint.*</pattern>
<pattern>Service.*</pattern>
<pattern>Message.*</pattern>
<pattern>DataService.*</pattern>
<pattern>Configuration</pattern>
</filters>
</target>
</logging>
<system>
<redeploy>
<enabled>true</enabled>
<watch-interval>20</watch-interval>
<watch-file>
{context.root}/WEB-INF/flex/services-config.xml
</watch-file>
<watch-file>
{context.root}/WEB-INF/flex/remoting-config.xml
</watch-file>
<touch-file>{context.root}/WEB-INF/web.xml</touch-file>
</redeploy>
</system>
</services-config>
remoting-config.xml - Antes:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<service id="remoting-service"
class="flex.messaging.services.RemotingService">
<adapters>
<adapter-definition id="java-object" class="flex.messaging.services.remoting.adapters.JavaAdapter" default="true"/>
</adapters>
<destination id="UsuarioService">
<properties>
<source>infraestrutura.services.CdtUsuarioService</source>
</properties>
</destination>
</service>
remoting-config.xml - Depois:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<service id="remoting-service"
class="flex.messaging.services.RemotingService">
<adapters>
<adapter-definition id="java-object" class="flex.messaging.services.remoting.adapters.JavaAdapter" default="true"/>
</adapters>
<destination id="UsuarioService">
<properties>
<factory>spring</factory> //Referencia da Spring Factory configurada no services-config.xml
<source>usuarioService</source> //id ou valor de referencia do Bean existente da BeanFactory do Spring
</properties>
</destination>
</service>
Basicamente foram estas as mudanças que fiz. Estou realizando alguns testes para tentar melhorar um pouco a estrutura do Spring para implementar o carregamento dos Beans via Annotation e context:component-scan, mas ainda não concluí.
O material que me ajudou a resolver este problema foi um tutorial de integração de Flex, BlazeDS, Spring e Hibernate disponibilizado no blog de nosso amigo Rodrigo Pereira Fraga, mais conhecido como Digows… Valeu Digows!!! 
Os links para o tutorial são: parte 1 e parte 2
Recomendo a leitura de todo o tutorial e também do material de referência que ele citou. Além disto, a documentação do Spring e do BlazeDS também são de grande ajuda.
Algo que ficou em aberto neste contexto é a questão de Lazy Loading usando o BlazeDS. Eu cheguei a criar um tópico aqui no fórum sobre o assunto: http://www.guj.com.br/java/239874-duvida-sobre-manipulacoa-de-session---hibernate#1237551
Infelizmente ninguém se manifestou 
Bom… é isso ai… obrigado também ao Zenas que indicou o portal da DevMedia. xD
Podem considerar o tópico como RESOLVIDO!
Abraço.
[]'s